1.2 进入RNA_seq环境 1.3 创建基因组索引文件 1.4 单端测序数据比对到参考基因组 1.5 双端测序比对到参考基因组 1.6 sam格式文件转换bam 本章将要带领大家掌握reads比对到参考基因组的办法,我已经先跑了一遍,4GB的内存还是太勉强了,比对到参考基因组时报错提示内存不足,因此我改用WSL将内存提升为8GB才解决问题。
Hisat2是一种快速灵敏的比对程序，专用于映射下一代测序读数至人类基因组或单个参考基因组，广泛应用于RNA-seq数据。比对数据处理时，我们选择使用Hisat2。进行比对前，需要准备三个文件：基因组序列、基因注释文件（通常为.gtf格式，需用gffread转换）、以及蛋白序列文件。这些文件可以从NCBI、Ensembl、Ensem...
1.2Bowtie2:它特别擅长将大约 50 到 100 个字符的读取与相对较长的(e.g. mammalian)基因组对齐。Bowtie 2 通常是比较基因组学的第一步,包括call snp、ChIP-seq、RNA-seq、BS-seq。 1.3Hisat2:Hisat2 是一种快速灵敏的比对程序,用于将下一代测序读数(DNA 和 RNA)映射到人类基因组群以及单个参考基因组,...
4、比对结果: 比对结果的解释 subjunc比对: subjunc是subread软件包中用于比对的工具,可用于发现外显子与外显子之间的连接,及发现融合基因。 1、建立参考基因组索引: (rna)May515:21:21~/project/airway/05.mapping $ index=/teach/database/index/subread/hg38/hg38 #技能树 2、subjunc常用参数 subjunc常用...
基于构建的比对索引,将reads(fasta和fastq格式)比对到基因组; 输出文件可以有:alignments (SAM/BAM), mapping summary statistics, splice junctions, unmapped reads, signal (wiggle) tracks etc # 产生基因组索引 ## 基本命令: STAR--runThreadN30--runMode genomeGenerate \--genomeDir/dataBase/hg38StarIndex...
建立基因组+转录组+SNP索引: bowtie2的索引只有基因组序列信息,tophat2比对时,转录组信息通过-G参数指定。HISAT2建立索引时,就应该把转录组信息加进去。 HISAT2提供两个Python脚本将GTF文件转换成hisat2-build能使用的文件: extract_exons.py Homo_sapiens.GRCh38.83.chr.gtf > genome.exon ...
如果只想进行定量,那就用bowtie、bowtie2比对,再用RSEM定量,这CNS用得最多;但是,单细胞能用TPM吗?显然不行,因为表达基因的数量差异太大了,这会带来很严重的偏差。 如果想要Reads count,那还是用FeatureCounts吧。(网上貌似说FeatureCounts比HTseq算法更好一些,但是HTseq2015年发表以来,引用了3000多次了,真是纠结选...
基因组索引没有建立成功，可能是由于内存不够导致：
原文网址:http://blog.biochen.com/archives/337 HISAT2是TopHat2/Bowti2的继任者,使用改进的BWT算法,实现了更快的速度和更少的资源占用,作者推荐TopHat2/Bowti2和
二:比对到基因组 2.1 tophat2 (1) 报错::”anaconda3/envs/python2.7/bin: 坏的解释器: 权限不够 “ 原因:解释器路径写错,python2.7正确路径‘usr/bin/python2.7’(tophat2需要在python2环境下运行) 解决:在anaconda3目录下 进行以下命令 ##anaconda3目录下 ...