1.2 进入RNA_seq环境 1.3 创建基因组索引文件 1.4 单端测序数据比对到参考基因组 1.5 双端测序比对到参考基因组 1.6 sam格式文件转换bam 本章将要带领大家掌握reads比对到参考基因组的办法,我已经先跑了一遍,4GB的内存还是太勉强了,比对到参考基因组时报错提示内存不足,因此我改用WSL将内存提升为8GB才解决问题。
生信与基因组学:单细胞RNA测序(scRNA-seq)SRA数据下载及fastq-dumq数据拆分 细胞定量是scRNA-seq重要的分析步骤,主要是进行细胞与基因的定量, cell ranger将比对、质控、定量都封装了起来,使用起来也相当便捷。 1. 基本软件安装准备 需要准备cellranger和samtools 软件 cellranger安装和使用参考:生信与基因组学:单细胞...
转录组测序（RNA-Seq，RNA sequencing）是通过高通量测序技术对生物体内全部转录产物（包括mRNA、非编码RNA等）进行测序的技术。转录组测序能够定量检测基因表达、发现新的转录本、分析基因结构变异和识别基因表达调控网络，是揭示基因功能和调控机制的重要手段。一、转录组测序的概念与原理 转录组是指一个细胞、组织或生...
# 删除单独的基因组序列 rm chr* 3 注释下载 GTF文件的全称是gene transfer format,主要是对染色体上的基因进行标注,而GTF文件的主要功能,就是指出我们所谓的基因在染色体上的位置(coordinate),并且还标注了这一段区间的其他信息 GFF(general feature format):用于基因组注释。 seqid :通常格式染色体ID或是contig I...
细菌RNA-seq是一种高通量测序技术,用于检测细菌转录组的全面表达情况。为了进行RNA-seq分析,需要使用一个参考序列来比对测序reads,并确定其来源基因。常见的细菌RNA-seq参考序列来源有以下几种: 已公开的细菌基因组序列。 这些基因组序列通常可以从公共数据库中获取,如NCBI GenBank等。这些数据库中包含了大量已测序的...
1 UCSC下载hg19参考基因组 测序得到的是几百bp的短read, 相当于把拼图打散了给你。如果没有参考基因组,从头(de novo)组装等于是重走人类基因组计划的老路,也就是打散了拼图,却不告诉你原来是什么样子,那么任务将会及其艰巨。 还好人类基因组已经组装好了,我们只需要把我们测得序列回贴(mapping)回去,毕竟人与人...
RNA-seq分析,选择合适的参考基因组其实也是有学问的。 例如,分析小鼠RNAseq,获取小鼠基因组序列,一般基因组数据库有: UCSC的genome data http://hgdownload.soe.ucsc.edu/downloads.html#mouse NCBI的Genomes ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/M_musculus/ ...
RNA-seq分析,选择合适的参考基因组其实也是有学问的。 例如,分析小鼠RNAseq,获取小鼠基因组序列,一般基因组数据库有: UCSC的genome data http://hgdownload.soe./downloads.html#mouse NCBI的Genomes ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/M_musculus/ Ensembl ...
然而参考基因组是一部无字天书,要想解读书中的内容,需要额外的注释信息协助。因此第二步,就是去gencode数据库载基因组注释文件 这里有基因组版本对应信息https://www.gencodegenes.org/releases/19.html Release 19(GTF_GFF3 files).png 下载基因组注释文件 ...
本文介绍RNA-seq的具体分析流程。 1、cutadapt去接头 我们拿到的测序数据一般是带有接头的fastq格式文件,需要用cutadapt把接头去掉。具体代码如下: #cut NAT sample#-u 20(正值u表示切除R1的前20个碱基) -u -30(负值u表示切除R1的前20个碱基)/#-U 20(正值U表示切除R2的前20个碱基) -U -30 (负值U表示切...