该数据库（Plant Intron-Splicing Efficiency Database , PISE）整理了来自SRA，GEO，DDBJ及ENA中包括拟南芥（25,283）、玉米（17,789）、水稻（10,710）和大豆（3,974）在内的四个物种的超 57,000 个植物公共 RNA-seq 文库，涵盖了这四个物种的约160 万个内含子。在该工作中，作者使用统一的流程对所有文库...
基于RNA-Seq的结果我们可以挖掘很多的信息,RNA-Seq-Nexus(CRN)数据库就能帮我们在线实现一些数据挖掘。 CRN数据库是第一个提供肿瘤细胞表型特异性编码转录物/lncRNA表达谱和lncRNA调控网络的公共数据库,网站链接为syslab4.nchu.edu.tw/CRN。 该数据库由中国台湾National Chung Hsing University國立中興大學的学者开发...
近十年间，随着测序成本的降低和数据质量的提高，RNA-seq已经成为研究基因表达常用手段。截至2021年，对于主要作物，如玉米、水稻、大豆、小麦和棉花，公共数据中RNA-seq的文库数量以指数速度已增加到~45,000个。目前已有一些相关的数据库，但现存的数据库通常对不同的实验项目产生的数据分别进行定量处理，使用不同的分...
通过这张图展示的是 GEO数据库中的 RNA-seq数据与芯片数据积累随时间的变化，很显然测序数据从2015年开始就已经超过了芯片数据的累积 （生信宝典注：这里没有统计物种信息，芯片能应用的物种少，测序能应用的物种多。现在临床数据分析还是基于芯片的数据量更大一些，有兴趣一起易生信GEO/TCGA专题课程 - 挖掘公共数据...
原名:A comprehensive online database for exploring ~20,000 public 1 Arabidopsis RNA-Seq libraries 译名:一个综合在线数据库,用于探索~20000个公共1拟南芥RNA序列文库 期刊:Molecular Plant IF:12.084 发表时间:2020.08.04 通讯作者:翟继先 通讯作者单位:南方科技大学生物系植物与食品研究所 ...
因为疫情原因很多小伙伴们已经居家办公很久了,大家可能也在思考一个问题:在宅家期间没有办法做实验的情况下、如何利用公共数据库做一些课题呢?今天和大家分享一个关于利用RNA-seq数据分析病毒整合情况的应用。一个关于新冠病毒整合的具体应用实例如下,本文中的代码也都参考自这篇文章,大家可以结合自己具体的研究课题做...
原名:A comprehensive online database for exploring ~20,000 public 1 Arabidopsis RNA-Seq libraries 译名:一个综合在线数据库,用于探索~20000个公共1拟南芥RNA序列文库 期刊:Molecular Plant IF:12.084 发表时间:2020.08.04 通讯作者:翟继先 通讯作者单位:南方科技大学生物系植物与食品研究所 ...
因为疫情原因很多小伙伴们已经居家办公很久了,大家可能也在思考一个问题:在宅家期间没有办法做实验的情况下、如何利用公共数据库做一些课题呢?今天和大家分享一个关于利用RNA-seq数据分析病毒整合情况的应用。一个关于新冠病毒整合的具体应用实例如下,本文中的代码也都参考自这篇文章,大家可以结合自己具体的研究课题做...
如此,任何人都能轻松地直接在 Windows 下 或者 MacOS 下开展 RNAseq 数据分析。 为什么要掌握转录组数据分析技能? Ø时时刻刻看遍基因表达: Ø自主完成常规转录组分析,随时可看基因表达 Ø充分利用已有数据: Ø1)公共数据库 SRA ; Ø2)实验室已有旧数据 ...