这需要较少数量的微阵列或RNA seq 库(使用1385个微阵列样本,CoNekT使用913个RNA序列样本),ARS可以通过简单的“Google-like”搜索从20000多个拟南芥RNA seq-101文库中快速提取任意基因的丰度信息,并对组织102特异性、发育阶段、胁迫相关以及突变体和103种治疗方法的差异表达进行多重可视化。
随着OA的发展,处于同一病态组织中的处于不同病理阶段的细胞将会出现,在疾病的发展中起着独特的作用。 因此,通过scRNA-seq分析鉴定不同病理阶段细胞簇的研究工作将有助于更好地了解OA的病因和进展。 图1 设计的分析和实验流程 2 方法与结果 (1)数据获取和质控: 方法步骤 1)对OA软骨细胞和成纤维细胞分别进行质控...
之前的IFC分析表明,PCAT1的promoter区域和一个包含rs7463708的DHS区域存在潜在的相互作用,具有很强的关联,那么可能这个DHS所在区域就是PCAT1的enhancer。根据CHIP-Seq数据,这个区域可结合AR、FOXA1等转录因子。 为了验证这个分析结果,作者就做了3C实验。确实发现了这两个区域的相互作用的信号,并且这个信号在前列腺癌细胞...
这需要较少数量的微阵列或RNA seq 库(使用1385个微阵列样本,CoNekT使用913个RNA序列样本),ARS可以通过简单的“Google-like”搜索从20000多个拟南芥RNA seq-101文库中快速提取任意基因的丰度信息,并对组织102特异性、发育阶段、胁迫相关以及突变体和103种治疗方法的差异表达进行多重可视化。
5.之前的IFC分析表明,PCAT1的promoter区域和一个包含rs7463708的DHS区域存在潜在的相互作用,具有很强的关联,那么可能这个DHS所在区域就是PCAT1的enhancer。根据CHIP-Seq数据,这个区域可结合AR、FOXA1等转录因子。 为了验证这个分析结果,作者就做了3C实验。确实发现了这两个区域的相互作用的信号,并且这个信号在前列腺癌...
这篇文章中,作者并没有自己进行测序,而是用一些新的思路和巧妙的构思,结合了前列腺癌(Prostate Cancer; PC)的SNP数据、表达数据、CHIP-Seq数据等,验证了与前列腺癌显著相关的lncRNAPCAT1,并且探索了PCAT1的调节机制,并且在生物学实验中做了验证。小编给大家分享这篇文章,是想大家可以借助作者的思路,在自己感兴趣的...
5. 之前的IFC分析表明,PCAT1的promoter区域和一个包含rs7463708的DHS区域存在潜在的相互作用,具有很强的关联,那么可能这个DHS所在区域就是PCAT1的enhancer。根据CHIP-Seq数据,这个区域可结合AR、FOXA1等转录因子。 为了验证这个分析结果,作者就做了3C实验。确实发现了这两个区域的相互作用的信号,并且这个信号在前列腺癌...