尽管公共数据库中有大量来自不同处理和突变体相关的RNA-seq 文库，但查看基因每个内含子在不同处理和突变体中的剪接率的资源十分匮乏。近日，南方科技大学生物系植物与食品研究所翟继先课题组在国际知名学术期刊SCIENCE CHINA Life Sciences在线发表了可以方便快速查询~57,000个植物公共RNA-seq文库内含子剪接效率的在线资...
近日,南方科技大学生物系植物与食品研究所翟继先课题组在SCIENCE CHINA Life Sciences在线发表了可以方便快速查询~57,000个植物公共RNA-seq文库内含子剪接效率的在线资源(PISE, https://plantintron.com/)。 该数据库(PlantIntron-Splicing Efficiency Database, PISE)整理了来自SRA,GEO,DDBJ及ENA中包括拟南芥(25,283)...
尽管公共数据库中有大量来自不同处理和突变体相关的RNA-seq 文库,但查看基因每个内含子在不同处理和突变体中的剪接率的资源十分匮乏。 近日,南方科技大学生物系植物与食品研究所翟继先课题组在国际知名学术期刊SCIENCE CHINA Life Sciences在线发表了可以方便快速查询~57,000个植物公共RNA-seq文库内含子剪接效率的在线资...
近十年间，随着测序成本的降低和数据质量的提高，RNA-seq已经成为研究基因表达常用手段。截至2021年，对于主要作物，如玉米、水稻、大豆、小麦和棉花，公共数据中RNA-seq的文库数量以指数速度已增加到~45,000个。目前已有一些相关的数据库，但现存的数据库通常对不同的实验项目产生的数据分别进行定量处理，使用不同的分...
原名:A comprehensive online database for exploring ~20,000 public 1 Arabidopsis RNA-Seq libraries 译名:一个综合在线数据库,用于探索~20000个公共1拟南芥RNA序列文库 期刊:Molecular Plant IF:12.084 发表时间:2020.08.04 通讯作者:翟继先 通讯作者单位:南方科技大学生物系植物与食品研究所 ...
而单细胞RNA测序的发展实现了对单个细胞全基因组表达的定量分析,从而为研究免疫细胞分化提供的一种新的分析思路。并且由于近年来,公共数据库中人类和小鼠的免疫细胞scRNA-seq数据量大大增加,因此可以通过分析和整合来研究免疫细胞分化状态。 处于不同发育状态的细胞往往对应着不同的转录群体,因此可以通过在细胞群体间比较...
为了解决这一挑战,充分利用公共RNA-seq文库,迫切需要通过统一的处理流程分析所有公开可用的文库数据,并将它们整合到一个易于使用的数据库中。翟继先课题组此次发布的数据库(Plant Public RNA-seq Database, PPRD)整合了来自GEO、SRA、ENA和DDBJ数据库中几乎所有的玉米(19,664)、水稻(11,726)、大豆(4,085)、小麦(...
并且由于近年来,公共数据库中人类和小鼠的免疫细胞scRNA-seq数据量大大增加,因此可以通过分析和整合来研究免疫细胞分化状态。 处于不同发育状态的细胞往往对应着不同的转录群体,因此可以通过在细胞群体间比较与分化相关的基因表达来鉴定细胞的分化状态。这种常规的方法已经有所实现。但是局限在于,处于分化状态的细胞往往...
为了更好地理解单核转录组在AD进展中的性别偏见,对Sun等人(2023)的单核RNA测序(snRNA-seq)数据集进行了分析,该数据集包括来自6个大脑区域的428名个体的性别和年龄匹配的样本。使用已建立的标记物,共从22,514个细胞核中鉴定出五种细胞类型,包括内皮细胞(Endo)、平滑肌细胞(SMCs)、室管膜细胞(Epd)、周细胞(Per...
近十年间,随着测序成本的降低和数据质量的提高,RNA-seq已经成为研究基因表达常用手段。截至2021年,对于主要作物,如玉米、水稻、大豆、小麦和棉花,公共数据中RNA-seq的文库数量以指数速度已增加到~45,000个。目前已有一些相关的数据库,但现存的数据库通常对不同的实验项目产生的数据分别进行定量处理,使用不同的分析流程...