该数据库（Plant Intron-Splicing Efficiency Database , PISE）整理了来自SRA，GEO，DDBJ及ENA中包括拟南芥（25,283）、玉米（17,789）、水稻（10,710）和大豆（3,974）在内的四个物种的超 57,000 个植物公共 RNA-seq 文库，涵盖了这四个物种的约160 万个内含子。在该工作中，作者使用统一的流程对所有文库...
近日,南方科技大学生物系植物与食品研究所翟继先课题组在SCIENCE CHINA Life Sciences在线发表了可以方便快速查询~57,000个植物公共RNA-seq文库内含子剪接效率的在线资源(PISE, https://plantintron.com/)。 该数据库(PlantIntron-Splicing Efficiency Database, PISE)整理了来自SRA,GEO,DDBJ及ENA中包括拟南芥(25,283)...
截至2021年，对于主要作物，如玉米、水稻、大豆、小麦和棉花，公共数据中RNA-seq的文库数量以指数速度已增加到~45,000个。目前已有一些相关的数据库，但现存的数据库通常对不同的实验项目产生的数据分别进行定量处理，使用不同的分析流程和不同版本的基因组和注释文件，所以难以直接比较它们之间的表达水平。为了解决这...
近十年间,随着测序成本的降低和数据质量的提高,RNA-seq已经成为研究基因表达常用手段。截至2021年,对于主要作物,如玉米、水稻、大豆、小麦和棉花,公共数据中RNA-seq的文库数量以指数速度已增加到~45,000个。目前已有一些相关的数据库,但现存的数据库通常对不同的实验项目产生的数据分别进行定量处理,使用不同的分析...
● PPRD由玉米(19,664),水稻(11,726)和大豆(4,085),小麦(5,816)和棉花(3,483)的RNA-seq库组成。 ● PPRD使用标准化渠道来计算每个文库中每个基因的表达水平。 ● PPRD可以搜索输入基因ID和文库ID,并返回基本描述和表达水平。 ● PPRD支持下载和共享搜索结果。
翟继先课题组此次发布的数据库(Plant Public RNA-seq Database, PPRD)整合了来自GEO、SRA、ENA和DDBJ数据库中几乎所有的玉米(19,664)、水稻(11,726)、大豆(4,085)、小麦(5,816)和棉花(3,483)的RNA-seq文库资源。该工作对所有的文库信息进行整理和分类,得到大量的突变体、处理条件以及不同组织和生长发育时期的...
2022年2月26日,南方科技大学生物系植物与食品研究所翟继先课题组在国际知名学术期刊Plant Biotechnology Journal在线发表了可以方便快速查询~45,000个植物公共RNA-seq文库的在线资源,论文题为“PPRD: a comprehensive online database for expression analysis of ~45,000 plant public RNA-Seq libraries”。 该数据库(...