conda create -n rna-seq python=2 conda activate rna-seq conda install -y sra-tools fastqc multiqc hisat2 samtools subread gffread conda deactivate 创建分析所用的文件夹 mkdir rnaseq cd rnaseq mkdir {sra,clean_data,fastqc,refastqc,align,count} 三、转录组数据分析 step1 测序数据的下载(sra-too...
该数据库包含lncRNA序列、RNA-Seq数据集中的表达值、基因组位置、lncRNA编码的假想多肽序列、对Swiss-Prot蛋白质和NONCODE中的非编码RNA的BLAST搜索结果等多种信息。 最常用的功能: Blast 位置序列的功能,可以找出位置序列与CANATAdb数据库中相似的lncRNA,并且提供这个相似lncRNA的表达量信息等等。 四、RFGB v2.0 ...
3 SNP-index graphs of bulk-L(A)and bulk-H(B), as well as Δ(SNP-index)graph(C)based on BSA-seq analysis 能的候选基因列表取交集,得到 78 个共有基因,这 些基因即为与株高潜在相关的候选基因. 将 78 个基因在 GO,KEGG,Uniprot,eggNOG 数据库中进行功能注释以缩小候选基因的选区范围 (表 4)...
lncRNA17978pro是lncRNA17978的上游序列,其核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示,该序列是水稻数据库(http://rice.plantbiology.msu.edu/)中Chr10:5652592..5654558的反向互补序列;在GenBank对应AP014966中REGION:5652592..5654558的反向互补序列。 [0034]在miRBase数据库(http://www.mirbase.org/)中,miR396e的序列号...
单细胞转录组测序技术 (scRNA-seq) 可用来揭示不同细胞之间的转录异质性,尤其是对于整体上研究某个器官或者某群细胞单细胞转录组测序能在单个细胞分辨率下研究转录组表达情况,完美解决细胞异质性问题。但由于细胞壁等因素的限制,植物领域的单细胞转录组研究相对落后于生物医学领域。
miR172b成熟体序列如SEQ ID NO:1所示,其前体基因pri-miR172b的序列如SEQ ID NO:2所示,其二级 结构如图1所示。 根据数据库序列的分析结果,为扩增pri-miR172b的基因片段,设计如下引物: MiR172bOEF(正向引物):5'-GGTACCCAGTAGAGAGTGTGATGCCGCAGCT-3'(下划线序列为KpnI识别位点);...
本发明涉及"水稻黑条矮缩病毒RNA干涉载体,构建方法及应用",属于生物技术领域.本发明将如SEQ ID NO 3所示的序列作为正,反义链建立了水稻条纹病毒RNA干涉载体pMCG161+/-B和pCMBIA1301+/-B.本发明为植物抗病基因工程提供了一种干扰病毒基因表达载体及其构建方... 李莉,李红伟,王锡锋,... 被引量: 0发表: 2011...
[0014] 一种抑制水稻害虫二化螟生长的小RNA csu-15基因在培育转基因抗虫水稻中的 应用,该基因的核苷酸序列如SEQ N0 :1所示。[0015] 上述基因所述的应用的具体步骤包括:[0016]利用 csu-15 基因序列设计扩增引物 15-I、15-II、15-III、15-IV、G4368 和 G4369,然后用两轮PCR合成csu-15人工miRNA的前体基因,...
超量表达pri-miR172b,导致水稻叶片变小、穗部枝梗和穗粒数减少。拮抗剂MIM172是SEQ ID NO:3所示的核苷酸序列,通过拮抗剂MIM172降低miR172的表达量会导致水稻株高变矮、叶片变大、穗部枝梗和穗粒数增加。这些结果表明miR172可以调节水稻的株型,具有重要的应用价值。
通过以上的预测和假设,得到小rna序列csu-53,其序列如序列表seqidno:1所示,它在二化螟全组织转录组和中肠转录组中都被预测为新mirna,因此初步确定csu-53存在于二化螟中肠组织,其天然前体基因序列如序列表seqidno:2所示。 实施例3:小rnacus-53表达的验证 ...