2024年3月19日,宁波大学燕飞研究员团队在植物病理学主流刊物Molecular Plant Pathology上发表题为“Integrated ATAC-seq and RNA-seq data analysis identifies transcription factors related to rice stripe virus infection in Oryza sativa”的研究论文。本研究利用水稻条纹病毒(RSV)感染水稻,研究病毒诱导的染色质可及性...
ChIP-seq:2组样本(WT植物和ABF1V-1转基因株系),4周龄水稻幼苗。 RNA-seq:4组样本(WT植物、ABF1V-1和ABF1E-1转基因株系、干旱处理的WT-D),4周龄水稻幼苗,其中WT-D组进行4小时PEG处理。 平台:Illumina HiSeq 2000 1. 通过分析ChIP-seq数据鉴定ABF1V结合位点 鉴定了3882个定位于启动子或CDS区域的结合...
近日,《生物技术通报》在线发表了《基于BSA-seq和RNA-seq挖掘水稻株高相关QTL》文章。本研究使用籼稻油占8号和广西普通野生稻构建的CSSL群体以及现代分子生物学技术,对广西普通野生稻进行研究,通过二代测序和混池分析方法,鉴定广西普通野生稻基因组...
一、下载水稻基因组数据 目前水稻的权威数据库主要有两个: #1.水稻MSU版本的数据库(2011年最后一次更新,已经很旧了)http://rice.plantbiology.msu.edu/#2.水稻RAP版本的数据库https://rapdb.dna.affrc.go.jp/ 下载水稻基因组文件和基因组注释文件 #MSU版本#基因组文件wget-c http://rice.plantbiology.msu....
北京大学贾桂芳与中国农业科学院万建民院士团队合作研究鉴定出水稻RNA m6A去甲基酶(OsALKBH9),并表明其参与水稻雄性育性调控。相关研究成果于2024年4月17日以“OsALKBH9-mediated m6A demethylation regulates tapetal PCD and pollen exine accumulation in rice”为题发表在《Plant Biotechnology Journal》期刊。
DSN-seq和Ribo-off-seq有效剔除水稻total RNA中的rRNA 作者首先收集14天的水稻幼苗,分成三个生物学重复。接着,从每个重复样本中提取total RNA,并分别进行DSN-seq、Ribo-off-seq和mRNA-seq(Figure 1a)。 rRNA统计结果表明:mRNA-seq和Ribo-off-seq中rRNA占比在2%以下,而DSN-seq中rRNA占比在4%左右(Figure 1b)...
该研究通过 RNAseq 方法测量1320株生长在干旱和水分充足的水稻叶片,全方位地分析水稻基因表达和表型,评估了自然选择对水稻基因表达的类型和强度的变化。 植物在动态且不适宜的环境中不断调整新陈代谢和发育。气候变化加剧了植物生长环境的严重性和不可预测性,包括水和温度的极端情况...
(bulk segregation analysis, BSA)方法,鉴 定广西普通野生稻基因组中与株高相关的 QTL,进 而筛选出在株高调控中可能起到关键作用的候选基 因.同时,运用 RNA-seq 分析进一步验证这些候选 基因在株高调控过程中的表达量与水平,为进一步 探究水稻株高调控机制提供了重要的理论指导和研 究思路,为培育理想株型的水稻...
LOC_Os04g04970、LOC_Os03g15960和LOC_Os03g51459,其在受到热处理1 h的表达水平显著上调,随着热处理的时间延长,其表达水平逐渐降低,可能与热处理相关。该研究可为进一步揭示水稻苗期高温热害分子生物学研究提供参考。 附件 水稻苗期高温RNA-SEQ分析 注:若需下载,请右键单击另存...
在诸多性状上优于双亲的现象,称为杂种优势.作为植物界的一种重要现象,杂种优势早已在作物育种中广泛应用,极大提升了作物产量,然而目前对杂种优势形成的分子机制仍缺乏系统认识.籼稻(indica)是亚洲栽培稻的主要亚种,占全球水稻产量的70%左右,其两个主要亚群(indicaⅠ和indicaⅡ)之间的强杂种优势为杂交水稻育种提供了...