2024年3月19日,宁波大学燕飞研究员团队在植物病理学主流刊物Molecular Plant Pathology上发表题为“Integrated ATAC-seq and RNA-seq data analysis identifies transcription factors related to rice stripe virus infection in Oryza sativa”的研究论文。本研究利用水稻条纹病毒(RSV)感染水稻,研究病毒诱导的染色质可及性...
近日,《生物技术通报》在线发表了《基于BSA-seq和RNA-seq挖掘水稻株高相关QTL》文章。本研究使用籼稻油占8号和广西普通野生稻构建的CSSL群体以及现代分子生物学技术,对广西普通野生稻进行研究,通过二代测序和混池分析方法,鉴定广西普通野生稻基因组...
综上所述,DSN-seq和Ribo-off-seq有利于水稻线粒体中新RNA编辑位点的鉴定。 4.DSN-seq和Ribo-off-seq准确鉴定水稻叶绿体中新的RNA编辑位点 作者对DSN-seq和Ribo-off-seq鉴定到的水稻叶绿体RNA编辑位点进行了注释,发现DSN-seq和Ribo-off-seq均可以检测到所有21个经典的RNA编辑位点(Figure 4a)。Sanger测序证实DSN-...
sra-tools fastqc multiqc trim-galore hisat2 samtools subread 一、下载水稻基因组数据 目前水稻的权威数据库主要有两个: #1.水稻MSU版本的数据库(2011年最后一次更新,已经很旧了)http://rice.plantbiology.msu.edu/#2.水稻RAP版本的数据库https://rapdb.dna.affrc.go.jp/ 下载水稻基因组文件和基因组注释文...
其中，大部分的HICE位点主要位于水稻基因组上的重复区域，尤其是一些转座子区域，而这些区域恰好是水稻中小RNA产生的重要来源。之后课题组又通过小RNA测序（Small RNA-seq）并检测编辑位点，鉴定到18个已有注释的miRNA被编辑。最后课题组还将该方法的结果与传统研究RNA-RBP互作的RNA 免疫共沉淀（RNA Immunoprecipitation ...
实验方法:细胞学分析、转录组分析、m6A-seq分析等 研究摘要: 本研究鉴定出mRNA m6A去甲基化酶OsALKBH9,并发现其在参与雄性育性中的调控。OsALKBH9敲除导致水稻雄性不育,且这种雄性不育依赖于其m6A去甲基化活性。细胞学分析揭示了Osalkbh9-1突变体中调控花药绒毡层细胞死亡(Tapetal Programmed Cell Death, PCD)的...
实验方法:细胞学分析、转录组分析、m6A-seq分析等 研究摘要: 本研究鉴定出mRNA m6A去甲基化酶OsALKBH9,并发现其在参与雄性育性中的调控。OsALKBH9敲除导致水稻雄性不育,且这种雄性不育依赖于其m6A去甲基化活性。细胞学分析揭示了Osalkbh9-1突变体中调控花药绒毡层细胞死亡(Tapetal Programmed Cell Death, PCD)的...
ChIP-seq:2组样本(WT植物和ABF1V-1转基因株系),4周龄水稻幼苗。 RNA-seq:4组样本(WT植物、ABF1V-1和ABF1E-1转基因株系、干旱处理的WT-D),4周龄水稻幼苗,其中WT-D组进行4小时PEG处理。 平台:Illumina HiSeq 2000 1. 通过分析ChIP-seq数据鉴定ABF1V结合位点 ...
转录组测序技术(RNA-Seq)是分子生药学研究中的重要技术,是利用高通量测序技术对组织或细胞中所有RNA反转录而成的cDNA文库进行测序,反映其表达水平。目前该技术广泛应用于水稻Oryza sativaL.[2]、玉米ZeamaysL.[3]、拟南芥Arabidopsis thaliana(L.) Heynh.[4]等模式植物...