因此,为了确定在水稻条纹病毒感染过程中可能发挥关键调节作用的转录因子,作者使用ATAC-seq中确定的上游基序在DEG数据中搜索转录因子,共发现34个转录因子。为了进一步验证RNA-seq中这些转录因子的转录变化,作者选择了8个已被报道与水稻生物胁迫有关的基因(OsWRKY77、OsERF91、OsWRKY45、OsWRKY28、OsJAMYB、OsWRKY12、Os...
近日,《生物技术通报》在线发表了《基于BSA-seq和RNA-seq挖掘水稻株高相关QTL》文章。本研究使用籼稻油占8号和广西普通野生稻构建的CSSL群体以及现代分子生物学技术,对广西普通野生稻进行研究,通过二代测序和混池分析方法,鉴定广西普通野生稻基因组...
综上所述,DSN-seq和Ribo-off-seq,而非mRNA-seq,可以有效地检测水稻中的RNA编辑事件。 3.DSN-seq和Ribo-off-seq准确鉴定水稻线粒体中新的RNA编辑位点 为了评估DSN-seq和Ribo-off-seq在水稻线粒体RNA编辑检测中的效果,作者首先对所有鉴定到的RNA编辑位点进行了注释。结果表明:DSN-seq中鉴定到的583个线粒体RNA...
下面就是水稻RNA-seq进行数据挖掘的主要分析流程。 转录组上游分析涉及到的软件主要有: sra-tools fastqc multiqc trim-galore hisat2 samtools subread 一、下载水稻基因组数据 目前水稻的权威数据库主要有两个: #1.水稻MSU版本的数据库(2011年最后一次更新,已经很旧了)http://rice.plantbiology.msu.edu/#2.水稻...
水稻是全球重要的农作物,也是单子叶植物模型。在水稻中,N6-甲基腺苷(m6A)mRNA修饰对植物的发育和胁迫响应至关重要。OsFIP37作为m6A甲基化复合体的核心组分,其缺乏会导致雄性不育,强调了m6A在雄性生育中的重要性。m6A是一种可逆的修饰,可以被m6A去甲基化酶去除,但m6A去甲基化酶是否调控水稻的雄性育性尚未明确。
图1.拟南芥热响应机制综述从转录、翻译、代谢等多个角度总结了水稻、玉米、番茄中的热胁迫响应网络。今天我们就来一起探究转录层面的热胁迫往往可以探究什么。01热应激通过影响番茄中的 BR-SlCRCa 级联损害花分生组织终止和果实发育发表期刊：Plant Communications发表时间：2024年1月研究概述：花分生组织的终止是心皮的...
该研究通过 RNAseq 方法测量1320株生长在干旱和水分充足的水稻叶片,全方位地分析水稻基因表达和表型,评估了自然选择对水稻基因表达的类型和强度的变化。 植物在动态且不适宜的环境中不断调整新陈代谢和发育。气候变化加剧了植物生长环境的严重性和不可预测性,包括水和温度的极端情况...
目前该技术广泛应用于水稻Oryza sativaL.[2]、玉米ZeamaysL.[3]、拟南芥Arabidopsis thaliana(L.) Heynh.[4]等模式植物中,无需预先设计探针就可以得到较为全面的转录组信息,并进行定位、注释分类以及功能分析。 因此,在中药研究中将分子生药学与RNA-seq技术相结合具有重...
OsABF1是bZIP转录因子,使用杂合转录因子(HTF)的方法与转录因子激活剂VP64(ABF1V)或转录因子抑制剂4EAR(ABF1E)融合,过表达转基因株系显示出明显不同的耐旱表型。通过对转基因水稻品系进行染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)和RNA测序(RNA-seq)测定,确定OsABF1与含有ACGT核心基序的DNA序列结合。经过分析RNA测序和染色质...
(bulk segregation analysis, BSA)方法,鉴 定广西普通野生稻基因组中与株高相关的 QTL,进 而筛选出在株高调控中可能起到关键作用的候选基 因.同时,运用 RNA-seq 分析进一步验证这些候选 基因在株高调控过程中的表达量与水平,为进一步 探究水稻株高调控机制提供了重要的理论指导和研 究思路,为培育理想株型的水稻...