在Brain RNA-Seq数据库查询Aif1,发现Aif1特异性的在小胶质细胞高表达,这也是Iba1作为小胶质细胞的特异性标志物的原因: 应用2:Brain RNA-Seq数据库除了查询细胞类型富集基因外还可以查看剪接异构体: 应用3:查询基因在特定细胞类型的富集情况,例如查询富集于星形胶质细胞的基因: 得到在星形胶质细胞特异性高表达的基因...
TCGA数据库中RNA-Seq数据类型解析 TCGA数据库中RNA-Seq数据类型解析:HTSeq-Counts,HTSeq-FPKM,HTSeq-FPKM-UQ TCGA数据库中应该下载哪种表达量数据HTSeq-Counts,HTSeq-FPKM,HTSeq-FPKM-UQ 现在常用的基因定量方法包括:R… smile...发表于生信数据分... R代码合并新版TCGA数据库RNAseq表达谱数据 生信交流平.....
RNA-seq（RNA测序）是一种先进的转录组研究技术，它利用高通量测序平台来直接测量细胞中的RNA分子数量。这种技术能够提供关于基因表达的定量信息，包括未知基因的发现、已知基因的表达水平变化、以及可变剪接事件等。RNA-seq数据分析是一个复杂的过程，主要分为以下步骤：1.数据质量控制：检查原始测序数据的质...
案例1: 基于RNA-seq数据构建中国最大人群的脑胶质瘤免疫组库数据库[3]中国脑胶质瘤基因组图谱计划（CGGA，Chinese Glioma Genome Atlas）拥有脑胶质瘤相关的最大规模的RNA-seq数据，以及匹配的临床和基因型信息。为探究中国人群脑胶质瘤免疫组库特征，本研究纳入了CGGA的913个脑胶质瘤患者RNA-seq数据，并根据IDH1/2...
使用R语言读取TCGA数据库的RNAseq数据 癌症基因组图谱(TCGA)是一个涵盖多种癌症类型的大型生物医学数据库,提供了丰富的基因表达数据。通过TCGA,研究人员可以获取不同患者的转录组(RNAseq)数据,以便进行癌症相关的基因表达分析。本文将介绍如何使用R语言读取TCGA下载的RNAseq数据,并展示相应的代码示例。
什么是单细胞 RNA 测序(scRNA-Seq)数据? 单细胞 RNA 测序(single-cell RNA seq,scRNA-Seq)是一种用于分析单个细胞中基因表达水平的技术。即可以在单个细胞的水平上检测 RNA 表达。传统的 RNA 测序( Bulk RNA-Seq)方法只能测量样本整体的表达水平,而不能反映细胞间的异质性。
一个高通量实验数据CLIP-Seq（或称为HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP）和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,包含了miRNA-mRNA，miRNA-lncRNA，miRNA-circRNA和RNA-protein等的调控关系。整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。miRbase microRNA是基因注释数据库。miRBase数据库检索数据库发表的miRNA...
iMETHYL从近100名志愿者中提取3种类型的细胞,并分别进行WGS, WGBS, RNA_seq测序分析,将最终的数据存储到iMETHYL 数据库中。通过提供CD4 + T淋巴细胞,单核细胞和嗜中性粒细胞的全DNA甲基化(〜2400万个常染色体CpG位点),全基因组(〜900万个单核苷酸变体)和全转录组(> 14000个基因)数据。通过提供多组学数据...
RNA-seq数据毫无疑问是目前NGS领域被使用最频繁的了,但是大部分科研人员对它的理解,还停留在表达量层面,尤其是基于基因的表达量,无非就是分组,然后走差异分析这样的统计学检验,绘制火山图和差异基因热图,上下调的通路。全部的学习资料我都视频录制免费共享在B站了: ...