(1)miRNA表达调控研究:miRNA-Seq可以用于分析不同细胞类型、发育阶段、生理状态或疾病状态下miRNA的表达变化,帮助了解miRNA在基因调控中的作用。 (2)miRNA与疾病关联研究:通过比较疾病患者和正常对照组的miRNA表达数据,可以鉴定与疾病相关的miRNA,从而深入了解miRNA在疾病发生机制中的作用。 (3)miRNA与细胞周期、凋亡和...
因此,研究者选择将oligo-dT富集用于mRNA-seq,移除rRNA进行全转录组测序(WTA)。短链非编码RNAs(如miRNA)既无法用oligo-dT方法富集,WTA测序中也很难覆盖,因此对其研究需要特定的分离建库方法,一般是切胶或磁珠分选后直接连接接头 (sequential RNA ligation,通常构建出来都是链特异性文库) (生信宝典注:这一点尤其要注...
因此,研究者选择将oligo-dT富集用于mRNA-seq,移除rRNA进行全转录组测序(WTA)。短链非编码RNAs(如miRNA)既无法用oligo-dT方法富集,WTA测序中也很难覆盖,因此对其研究需要特定的分离建库方法,一般是切胶或磁珠分选后直接连接接头 (sequential RNA ligation,通常构建出来都是链特异性文库) (生信宝典注:这一点尤其要注...
以亚型特异性方式异位表达miRNA 143、145和129模拟物,GSCs在分化后优先表达这三种miRNA中的一种。对转染的细胞进行MeRIP-seq和RNA-seq分析发现,这些肿瘤抑制性RRACH结合miRNA的异位表达似乎促进了转录特异性去甲基化,而不参与预期的miRNA介导的转录本下调。 图6 C:三类GSC及其靶转录本中异位表达的miRNA模拟物。D:miR...
短链非编码RNAs(如miRNA)既无法用oligo-dT方法富集,WTA测序中也很难覆盖,因此对其研究需要特定的分离建库方法,一般是切胶或磁珠分选后直接连接接头 (sequential RNA ligation,通常构建出来都是链特异性文库) (生信宝典注:这一点尤其要注意)。 WTA生成的RNA-seq数据包含编码和一些非编码RNA。WTA方法也适用于Poly-A...
(6)结果验证:通过实验验证差异表达miRNA的生物学功能和调控机制,例如,通过定量PCR、Northern blot等方法验证测序结果的准确性和可靠性。 应用方向 (1)miRNA表达调控研究:miRNA-Seq可以用于分析不同细胞类型、发育阶段、生理状态或疾病状态下miRNA的表达变化,帮助了解miRNA在基因调控中的作用。
miRNA-seq、bulk RNA-seq发现了在CPPs-Exo中高表达的miR-27b-3p及其靶基因Sik1,它可以影响CREB1的转录活性。单细胞RNA测序分析表明了SHISA9在病毒感染的不同阶段…
Ion PGM™ 和 Ion Proton™ 系统可在链特异性、无假设的研究中为所有已知及新发现的小 RNA 转录物提供测序分析,例如 microRNA (miRNA)、短干扰 RNA (siRNA) 以及与 piwi 蛋白相作用的 RNA (piRNA)。 靶向RNA测序 靶向RNA 测序是用于追踪转录组研究的高性价比解决方案,或者其可用于快速关注通路或疾病相关内...
提取了来自20个中国肝癌患者的肿瘤组织,门静脉组织和癌旁组织,共计60个样本,分别对其进行miRNA-seq,甲基化分析,拷贝数变异分析和RNA-seq分析。 数据下载网址: RNA-seq数据分析 数据预处理 由于此数据原始数据sra太大,没有表达矩阵,提供了测序序列reads经过标准化以后,在每个基因上的数目(normalized_count),将各个样...
类似的,在人类细胞中 miRNA 主要是通过与 mRNA 结合来阻止 mRNA 翻译成蛋白,从而起到抑制靶基因表达的作用。目前,只有少数的 miRNA 和靶基因 mRNA 的对应关系经过了实验验证。大多数还是通过序列互补、结合热稳定性等预测性手段来预测,虽然这种预测不是很精确,...