该教程分为2部分,第1部分在:miRNA-seq小RNA高通量测序pipeline:从raw reads,鉴定已知miRNA-预测新miRNA,到表达矩阵【一】 到此时,原始的单端小RNA测序已经完成了质量过滤和接头修剪、rfam+ensembl非编码小RNA的序列过滤工作。 5.与参考基因组外显子和内含子的比对 由于提取得到的短片段RNA中可能含有一些mRNA的降解片...
miRNA-seq是一种建库方法和数据处理上都稍有特殊的一种测序方法。它的原理是首先提取短链RNA,直接在RNA两端连接接头后建库,然后对所有小RNA进行一起测序,通过数据处理提取出其中潜在的miRNA并进行表达量分析。由于小RNA的长度都很短,所以50bp长的单端测序已经足够可以获得全长序列。 但是值得一提的是,miRNA-seq的数...
microRNA属于转录组RNAseq的一个小方向，如图，microRNA前些年是特别火的水文章的方向，原理介绍见 ：...
[0131] 实验室制备和下一代测序[0132] 为进行实验室制备,每样品使用了 200ng的总RNA,如在生物分析仪 (Bioanalyzer) 2100 (Agilent)上利用 RNA 6000 Nano Chip 所确定的。按照 TruSeq Small RNA Sample Prep Kit(Illumina)的方案进行制备。在生物分析仪上利用DNA 1000芯片测 量了制备好的文库(library)的浓度...
small RNA-seq技术通过对高通量测序数据进行过滤筛选和比对,不仅能鉴定已知miRNA (known miRNA) 和新miRNA (novel miRNA),也能挖掘低丰度表达的miRNA,同时结合生物信息学分析研究miRNA的表达模式及生物学调控功能[11]。由于大熊猫物种的珍稀性,大熊猫miRNA的研究报道相对较少,但近几年发展较为迅速,研究证明miRNA对大...
(6)miRNA测序、降解组测序和联合分析: 使用TruSeq Small RNA Sample Prep Kits构建了9个样品的RNA测序文库,并使用Illumina Hiseq2000/2500进行测序; 9个样本的总RNA等量混合用于构建降解组测序文库; (7)实时荧光定量PCR分析: 为了测试miRNA-mRNA靶向的可靠性,对DEGs和miRNAs进行了qRT-PCR分析,以cDNA为模板,选取U6...
基于高通量实验筛选 经典策略是,KD/KO或过表达感兴趣的RNA,通过RNA-seq/蛋白质组实验找出的差异基因/差异蛋白质很可能受该RNA调控。哈尔滨工业大学王亚东组基于这个原理建立了lncRNA2Target数据库,www.lncrna2target.org/,可惜三年没更新了。 它没更新没关系。具体到某个RNA,我们自己去SRA数据库查询RNA-seq数据,如...
RNA-seq中的基因表达量计算和表达差异分析 差异分析的步骤:1)比对:2) read count计算:3) read count的归一化:4)差异表达分析: 背景知识:1)比对:普通比对: BWA,SOAP开大GAP比对:Tophat(Bowtie2):2) Read count(多重比对的问题):丢弃平均分配利用Unique region估计并重新分配表达量计算的本质目标基因表达量相对...