本文通过研究作者改良的BS-miRNA-seq技术和MAmBA分析流程获得了人类microRNA上(h)m5C修饰的高分辨率图谱，发现该修饰在人miRNA上广泛分布且不仅限于CpG序列，并通过免疫沉淀实验进一步证实，m5C与hm5C修饰均存在于人类miRNA上。
但在DNA免疫沉淀中使用的5mC抗体在RNA环境中很难结合m5C,文章作者使用了最新开发的32E2单克隆抗体m5C IP用于富集带有m5C的miRNA,另外由于缺乏RNA中专门针对hm5C的抗体,作者采用了在DNA环境中识别5hmC的抗体用于富集带有hm5C的miRNA。 根据BS-miRNA-seq结果,阴性对照设置为未含有甲基化的miRNA(hsa-miR-21-5p)和序列...
由于亚硫酸盐处理会导致RNA片段化,大多数RNA的reads来自tRNA片段,导致miRNA reads的覆盖率非常低,范围在0.0001%至0.0345%之间。 通过PAGE纯化的方法,从总RNA中特异性分离miRNA (长度15-35nt),分离纯化后的RNA 进行亚硫酸盐处理和测序,该方法—亚硫酸盐microRNA测序”(BS-miRNA-seq)使测序数据集中映射到miRNA的reads...
nf-core / circrna是一种生物信息学流水线,用于定量,miRNA靶标预测和RNA测序数据中存在的circRNA的差异表达分析(当前支持总RNA-Seq配对末端测序数据,已映射至智人Gencode参考基因组GRCh37, GRCh38 v34)。 pipleline已以模块化方式开发,除了circRNA定量外,还允许用户选择miRNA靶标预测,差异表达分析(或两者),以促进围...