2.流程概述 STAR进行比对生成BAM文件 -> GATK内置Picard工具对BAM文件进行处理,以适配后续分析流程,否则会报错 -> HaplotypeCaller寻找变异 -> 分SNP,Indel两种模式对变异进行过滤。 *若有生物学重复,可以在call变异这一步为每一个样本生成gvcf文件,然后合并gvcf,进行joint-calling。 3.代码 1)mapping 对于RNA-seq...
主要的分析工具有GATK、HaplotypeCaller等工具。 3、可变剪接分析:可变剪接(alternative splicing)是指一个基因在转录过程中产生多个不同的转录本,通过剪接不同的外显子和内含子组合形式。,并且已有很多文献报道可变剪接会影响疾病、发育等一系列的生物学过程。利用RNA-seq数据进行可变剪接分析可以帮助研究人员鉴定和分析...
检测基因组和转录组变异对于理解可能影响基因表达的调控和与疾病相关的变异至关重要。常用于基因组变异检测的方法,如SAMtools mpileup和GATK的HaplotypeCaller,也可应用于RNA-seq数据。为了考虑RNA-seq数据,GATK应用了RNA特异性过滤步骤以处理RNA剪接。本文将GATK最佳实践工作流程用于RNA-seq数据的性能与使用TopHat、STAR、H...
$gatk--java-options"-Xmx20G -Djava.io.tmpdir=./"HaplotypeCaller \-ERCGVCF-L$bed-R$GENOME-I$bam--dbsnp $DBSNP-O${sample}_gatk.gvcf done 关于这个star软件安装,已经配套数据库文件的准备工作, 见:2019年11月:最新版针对RNA-seq数据的GATK找变异流程的教程。当然了,这个代码有点超纲了,对绝大部分初...
这步就是用来call variants的,用的是GATK的HaplotypeCaller模块,由于这里是单个样本,所以直接进行HaplotypeCaller即可: 在call varition 的时候出现一个警告⚠️: WARN 17:05:15,146 ExactAFCalculator \ - this tool is currently set to genotype at most 6 alternate alleles in a given context, \ but the...
gatk HaplotypeCaller \-R~/reference/linux/STAR/STAR_GRCh38_genecode_v33/ref_genome.fa \-I./SRR11178348_BQSR.bam \-O./SRR11178348.vcf \-L~/reference/linux/gatk/GRCh38/GRCh38.interval_list 5、对mutations进行过滤 代码语言:javascript
bam=${sample}_recal.bam$gatk--java-options"-Xmx20G -Djava.io.tmpdir=./"HaplotypeCaller \ -ERC GVCF -L$bed-R$GENOME-I$bam--dbsnp$DBSNP-O${sample}_gatk.gvcfdone 关于这个star软件安装,已经配套数据库文件的准备工作, 见:2019年11月:最新版针对RNA-seq数据的GATK找变异流程的教程。当然了,这个代...
这步就是用来call variants的,用的是GATK的HaplotypeCaller模块,由于这里是单个样本,所以直接进行HaplotypeCaller即可 java -Djava.io.tmpdir=/home/anlan/tmp -Xmx10g -jar ~/biosoft/gatk/GATK/GenomeAnalysisTK.jar \ -T HaplotypeCaller \ -R ~/reference/genome/mm10/GRCm38.p5.genome.fa \ ...
HaplotypeCaller: -stand call conf 20.0 -stand emit conf 20.0 -A StrandBiasBySample -A StrandAlleleCountsBySampleGATK VariantFiltration: -window 35 -cluster 3 -filterName FS -filter “FS >30.0” -filterName QD -filter “QD <2.0” RNA编辑 ...
$gatk--java-options"-Xmx20G -Djava.io.tmpdir=./"HaplotypeCaller \ -ERC GVCF -L$bed-R$GENOME-I$bam--dbsnp$DBSNP-O${sample}_gatk.gvcf done 关于这个star软件安装,已经配套数据库文件的准备工作, 见:2019年11月:最新版针对RNA-seq数据的GATK找变异流程的教程。当然了,这个代码有点超纲了,对绝大部...