2. boxplot查看样本的基因整体表达情况 3. 查看不同分组的聚类情况:样本hclust 图、距离热图、PCA图、差异基因热图、相关性热图 承接上节RNA-seq入门实战(三):从featureCounts与Salmon输出文件获取counts矩阵 在进行差异分析前需要进行数据检查,保证我们的下游分析是有意义的。 以下展示了样本hclust 图、距离热图、PC
③ 构建加权共表达网络( 一步法和分步法),识别基因模块 ④ 关联基因模块与表型:模块与表型相关性热图、模块与表型相关性boxplot图、基因与模块、表型相关性散点图 ⑤ WGCNA的标配热图 ,模块相关性展示 ⑥ 对感兴趣模块的基因进行批量GO分析 ⑦ 感兴趣模块绘制热图 ⑧ 提取感兴趣模块的基因名, 导出基因至 VisANT...
帮助我们理解基因表达的差异和模式。要制作指定基因的表达量boxplot，我们首先需要获取到相关的原始测序数据，例如fastq文件。接着，我们可以利用转录组上游流程对这些数据进行处理，包括质量控制、序列比对等步骤。最后，通过重新定量和数据分析，我们可以得到counts矩阵，这是制作boxplot的重要基础。
step4_Module-trait-relationship_boxplot.pdf step4_gene-Module-trait-significance.pdf 通过以上可发现,与primed表型相关密切的模块有royalblue、blue等 ⑤ WGCNA可视化:TOMplot 、Eigengene-adjacency-heatmap WGCNA的标配热图TOMplot / Network heapmap plot,描绘了分析中所有基因之间的拓扑重叠矩阵(TOM),颜色越深表...
boxplot(logcounts, xlab="", 多维缩放分类 现在,我们可以进行一些统计建模了。 多维缩放是主成分分析的一个类似物。它提供了一种简单的方法,可以查看样本组是否沿着其第一和第二维度分开。这是基于主要差异倍数度量的。 这检查了在样本之间表现出最大倍数差异的基因子集。
boxplot(logcounts, xlab="", 1. 2. 3. 多维缩放分类 现在,我们可以进行一些统计建模了。 多维缩放是主成分分析的一个类似物。它提供了一种简单的方法,可以查看样本组是否沿着其第一和第二维度分开。这是基于主要差异倍数度量的。 这检查了在样本之间表现出最大倍数差异的基因子集。
Each boxplot shows the distribution (center: median; bounds of box: first and third quartiles; bounds of whiskers: data points within 1.5× interquartile range from the box; minima; maxima) of running time. f, Financial cost of querying GPT-4 API versus cell type numbers. g, GPT-4’s...
km<-read.csv("resultstrain.k=2.consensusClass.csv",header=T,stringsAsFactors=F,check.names=F)names(km)<-c("sample","cluster")fpkm_km_IPS<-km%>%inner_join(ips,by=c("sample"="ID"))fpkm_km_IPS[1:4,1:4]ggboxplot(fpkm_km_IPS,x="cluster",y="AZ_IPS",width=0.6,color="black"...
Boxplots show genes detected and p-values show result of a two-sided t-test. (e) Replacement of the bead-based cDNA cleanup by dilution in single K562 (n = 57, 38, respectively) cells. Shown are the number of genes detected per cell for each condition at 100,000 reads with a...
geo读取表达矩阵 RNA-seq R语言方法一:1.从geo页面直接下载表达矩阵,然后通过r读取表达矩阵 2.利用getgeo函数读取表达矩阵 3.利用geo自带的geo2r,调整p值为1,获取探针和基因名的对应关系 1 #http://zouyawen.top/2020/10/09/%E8%BD%AC%E5%BD%95%E7%BB%844/ ...