这个分析做的公司并不多,基因融合现象发生在很多致命疾病中,如果是癌症等疾病的融合基因分析可以使用defuse软件, 利用reads的基因跨越以及一对reads的相对距离进行基因融合查找,当然,也可以使用BGI的SOAP系列,生信菜鸟团博客里面有详细描述软件的安装以及示例数据的测试使用。 结题报告能给用户的就是软件找到的可能的融合...
答:BGI利用RNA-Seq方法以MAQC标准品为研究对象,即UHRR RNA (Universal Human Reference)和HBRR (Human Brain Reference RNA),分别测序了28M的原始reads,检测到的转录本和基因数目见以下表格。 UHRR HBRR 从以上表格可以看出,RNA-Seq只有检测5M的raw reads即可检测到17000多个基因,与28M检测的18000个基因相比,检出...
上次已经描述了RNA-seq的测序平台(最全RNA-seq测序平台简介,不好意思遗漏国之重器BGI-seq测序平台,在此更正),并且已经提出了一些典型的应用,那么具体的情况中自然而然就要问应该选择哪个平台。一个简单的解决方法是参考PubMed已发布的文献选择与其相同或相似的测序平台。当然总是建议在进行科学研究之前,一定要查阅文献...
参考文献: [1]Anne Senabouth et al. Comparative performance of theBGI and Illumina sequencing technology for single-cellRNA-sequencing[J]bioRxiv,2019. [2]《NGS攻略》之Dup传. https://mp.weixin.qq.com/s/VX-ewxGcxe3_NLB_Tx6h0Q [3]R Farouni et al., Model-based analysis of sampleindex...
这个分析做的公司并不多,基因融合现象发生在很多致命疾病中,如果是癌症等疾病的融合基因分析可以使用defuse软件, 利用reads的基因跨越以及一对reads的相对距离进行基因融合查找,当然,也可以使用BGI的SOAP系列,生信菜鸟团博客里面有详细描述软件的安装以及示例数据的测试使用。
新学期开学之际,华大基因隆重推出基于BGISEQ-500RS平台的首个测序产品--- 定量结果,高性价比的基因表达研究方案,这就是 信息分析全面升级——最新版的KEGG数据库、基因共表达网络分析、主成分分析(PCA)支持分组画法、条件特异表达分析等 使用华大任何RNA测序服务并发表SCI收录文献(发表时间在2014年1月1日以后,以在线...
台，RNA-Seq(Quantification)可进⾏全基因组⽔平的基因表达差异研究，具有定量更准确、可重复性更⾼、检测范围更⼴、分析更可靠等特点。1．实验流程 样品提取总RNA后，对于真核⽣物，⽤带有Oligo（dT）的磁珠富集mRNA，对于原核⽣物，⽤试剂盒去除rRNA，向得到的mRNA中加⼊fragmentation buffer使其⽚...
单次最低送样量:不限制 JSR-RNAseq-01-2 RNA转录组测序(真核有参) 测序平台:BGI 数据量:6g 服务周期(天):一个月 单次最低送样量:不限制 JSR-RNAseq-01-3 RNA转录组测序(真核无参) 测序平台:BGI 数据量:6g 服务周期(天):一个月 单次最低送样量:不限制 热点...
[1]Anne Senabouth et al. Comparative performance of theBGI and Illumina sequencing technology for single-cellRNA-sequencing[J]bioRxiv,2019. [2]《NGS攻略》之Dup传. https://mp.weixin.qq.com/s/VX-ewxGcxe3_NLB_Tx6h0Q [3]R Farouni et al., Model-based analysis of sampleindex hopping re...
任务内容:因10x公司官方转录组文库SOP中, 有效分析数据读长是是28bp(index+UMI)+91bp,所以测序策略采用reads1读取28bp,reads2读取100bp,即可满足文库测序需求;所以根据实际情况,BGI提供测序数据长度为不等长PE序列 公示期:2022年10月12日—2022年10月15日 ...