GEO:Submit RNA-seq, ChIP-seq, and other types of gene expression and epigenomics datasets. 也就是我们常用的基因表达数据,这里可以上传处理后的数据,如count和TPM,FPKM等 BioProject & BioSample:这是NCBI的核心组织架构,一篇文章就是一个BioProject,一个project里可以包含多个BioSample 推荐:在上传所有数据前,...
RNA-seq数据如何用于构建PPI网络? STRING数据库在PPI网络构建中的作用是什么? 如何使用STRING数据库进行蛋白互作分析? 连续两次求贤令:曾经我给你带来了十万用户,但现在祝你倒闭,以及 生信技能树知识整理实习生招募,让我走大运结识了几位优秀小伙伴!大家开始根据我的ngs组学视频进行一系列公共数据集分析实战,其中几个...
1.打开TCGA官网https://portal.gdc.cancer.gov/。在搜索框输入chol,选择第一个PR(project),TCGA-CHOL 2.在跳转的页面中,点击RNA-Seq后面的数字 3. 在新打开的页面中,点击左上角的Files 4.接下来就是不一样的地方了,可以看到在workflow type里面没有HTSeq-Counts了,取而代之的是STAR-Counts。我们就选择这个...
一、Introduction 介绍 TCGA mRNA定量分析流程测量HT-Seq 原始reads统计中的基因表达水平,Fragments per Kilobase of transcript per Million mapped reads(FPKM)和FPKM-UQ(上四分位标… 生信交流平...发表于非编码RN... exoRBase:人类血液外泌体RNA数据库 导语exoRBase是从人类血液外泌体的RNA-seq数据分析得出的...
UCSC Xena是由加州大学圣克鲁兹分校(University Of Cingifornia Sisha Cruz,UCSC)维护的数据库,前身是癌症基因组浏览器Cancer Browser ,虽然其目前已经不再更新,但其中的RNA-Seq数据仍然具有潜在价值,可供我们进行生信分析。 ⏩此节就让我们一起来学习一下如何从UCSC Xena下载转录组数据。 一、从UCEC数据库提取并下...
鉴于各种肿瘤以及其它疾病已有大量的RNA-seq数据发表以及MiXCR和TRUST4等相关软件的开发和成熟，从RNA-seq数据挖掘BCR/TCR信息具有很高的可行性。此外，相对于成本更高以及公共数据更少的免疫组库测序，基于转录组测序的免疫组库分析在大样本队列研究方面具有更多优势，有利于在大样本维度下获取新的重要发现。此外，对...
一、RNAseq数据分析流程: 一、电脑的要求: 数据分析最好是有mac或者linux系统,8G+的内存,500G的存储即可。 如果你是Windows,那么安装必须安装 finashell,git,notepad++,everything,还有虚拟机服务器,在虚拟机里面安装linux,最好是ubuntu。全程如下界面操作: ...
1.TCGA RNA-seq数据更新情况 2022年3月29日,GDC官网(https://portal.gdc.cancer.gov/)发布了新的更新版本(Data Release 32.0)数据。此次数据更新范围广、变化大,导致许多网上的教程一夜之间不再直接可用。 具体的更新情况,在官网页面(https://docs.gdc.cancer.go...
原来TCGA数据库的下载,使用TCGAbiolinks包是否还可以处理数据,我还没有试,但下载数据应该是没有问题的。 当然,为了方便,我也将2个函数封装成了一个函数: getTCGA_RNAseq_data=function(dataPath,json,data_type){###从json文件获取信息 metadata_json<-rjson::fromJSON(file=json)json_info<-do.call(rbind,lap...
该模块通过分析TCGA数据库整合的32种癌症类型(约10000 RNA-seq和约9900 miRNA-seq样本)的表达图谱,提供lncRNA、miRNA、假基因、snoRNA、RNA结合蛋白(RBP)和所有蛋白质编码基因的泛癌症网络。共有6个子模块,接下来小编以miRNA相关的模块为例介绍Pan-Cancer的使用方法。