【佳学基因检测】RNAseq科研服务单细胞测序基因检测中的基因和外显子定量分析 佳学基因单轨分析中使用Megadepth分析STAR输出的拼接对齐BAM文件。Megadepth生成一个代表每个基因组基础覆盖深度的bigWig文件。Megadepth还总结了提供的BED文件中定义的基因组间隔内的测序覆盖率。佳学基因通过从一个或多个基因注释中获取所有不...
第二十一节:chipseq下游的motif富集 不同处理直接的峰值overlap韦恩图 差异paek寻找 peak注释 以cell文章为例超级增强子寻找 第二十二节:Atacpseq全流程分析包括MappingQC、多个重复样本合并、Peakcalling、bedGraphToBigWig、TSS Enrichment、bedtools计...
samtoolssorttest_rna_seq.bam > test_rna_seq.sort.bam samtoolsindextest_rna_seq.sort.bam bam2wig.py -i test_rna_seq.sorted.bam -shg38.chrom.sizes_2 -o TestOut -u # -u, --skip-multi-hits ## wig转二进制的BigWig #wget http://hgdownload.soe.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/wig...
(3) Peak calling。使用MACS2获得ChIP-seq富集信息,生成bed文件中详细列出了每一个reads的位置信息与可信度 (4) IGV可视化基因位置信息.为了 减少bam文件的大小从而在IGV可视化过程中降低计算机资源的消耗,需要将bam文件转化为BigWig文件或者tdf格式文件 (5) 下游信息挖掘。使用R-packages Chipseeker对处理好的数据进行...
6)bam2wig.py 这是一个格式转换工具,把BAM文件转为wiggle格式的文件 还可以把我们转好的wiggle格式文件通过UCSCwigToBigWig这个工具转为bigwigformat 为了使用这个脚本,我们的bam文件必须是排序好了的,并且还有索引。# sort and index BAM files samtools sort -m 1000000000 input.bam input.sorted.bam ...
[29]. SPEAQeasy facilitates both traditional RNA-seq downstream analyses such as gene differential expression, but also the exploration of the annotated transcriptome [34,35] by quantifying reads that span exon-exon junctions and providing bigWig base-pair coverage files [36]. Input RNA-seq reads...
bioconductor-deseq2 - 1.28.0 bioconductor-tximport - 1.16.0 perl - 5.26.2 python - 3.8.3 r-ggplot2 - 3.3.2 r-optparse - 1.6.6 r-pheatmap - 1.0.12 r-rcolorbrewer - 1.1_2 rsem - 1.3.3 ucsc-bedgraphtobigwig - 377 umi_tools - 1.0.1 bioconductor-edger - - deeptools - - matplo...
RNASeq analysis from raw data to feature counts Input: A set of Fastq Files and genome reference and annotation. Output: MultiQC and HTML reports, BAM and bigwig files, feature Counts, script to launch differential analysis Status: Production. ...
质量控制(Quality Control,QC)对于保证RNA-seq高质量且适合随后分析是至关重要的。我们使用RSeQC程序包全面地评估RNA-seq结果质量,例如序列质量、GC偏倚、PCR偏倚、核苷酸组成偏倚、序列深度、链特异性、覆盖均一性,和基因组结构上的片段分布等,以确保后续分析的可靠性。 基于原始测序数据的质控(例如FastQC)不足以保证...
Create bigWig coverage files (BEDTools, bedGraphToBigWig) Extensive quality control: RSeQC Qualimap dupRadar Preseq DESeq2 Pseudoalignment and quantification (Salmon or ‘Kallisto’; optional) Present QC for raw read, alignment, gene biotype, sample similarity, and strand-specificity checks (MultiQC...