这个策略也可以解释,对于lncRNA测序,如果不设置重复,我们建议老师单样本测序量为8~10G。如果设置了重复,而老师经费有限,那么可以将单个样本的数据量降低(例如5~6G),其效果依然要优于不设置重复的实验设计。 用我们的服务,加速您的研究!
我们进一步将APARENT2和Saluki23(方法部分)组成的3'UTR广泛集合进行了比较。 Borzoi在较长距离上表现更好(dAUPRC > 0.050在2,000 bp处),而在接近PAS的位置,其性能与APARENT2和Saluki的表现更为接近(dAUPRC = 0.025在50 bp处)(图6g)。 在较近距离上,所有模型预测(Borzoi、APARENT2和Saluki)的平均排名超过了...
但在研究经费有限的情况下,“提高生物学重复数而降低单个样本的测序量”或 “提高单个样本测序量而降低生物学重复”,哪个更有效?” 我们经常会建议老师:“3个生物学重复样本(2G/样本)的定量准确性大于单个样本6G数据量。即相同的总数据量拆分到更多的生物学重复中,实际上定量可靠性是提高了。” 这个结论的出处是...
此外,它还显示,在预测TCGA队列中这些个体的OS方面,风险评分具有良好的表现(1年,3年和5年OS的AUC:0.800,0.753和0.691)(图6F)。此外,在GSE68465队列中观察到类似的结果(图6G-6I)。 图6 将模型结果将代入单细胞数据。图7A的...
建议数据量:6G/8G/10G clean data 测序策略:PE150 欧易转录组测序技术优势 1. 建库实力过硬 坚持使用Illumina原装试剂盒 12年文库构建经验 2. 灵活定制、内容详实的生物信息学分析 20余人分析团队,每个项目由专人负责到底、全程服务 项目经验丰富,能满足客户个性化定制分析需求 ...
为了弄清楚 LOXL2 过表达/沉默成纤维细胞调节 T24 细胞的机制,在 CAF 中 LOXL2 敲低后处理 RNA-seq(图 6G)。IL32 被确定为 DEG 中唯一的可溶性因子(图 6G,H)。GSEA 显示细胞因子-细胞因子受体相互作用在 LOXL2 敲低的 DEGs 中富集(图 6I)。此外,在线工具 GEPIA 显示 LOXL2 和 IL32 之间呈正相关(...
对于中等表达的基因(RPKM>15),reads数=40M(在PE 150测序下,大概是6G数据量),就无论是构建还是定量逐渐达到平台期。备注:40M reads 也是有参转录组测序的推荐数据量 注:图中数据为75bp读长的reads 写在最后:有时间我们会努力更新的。大家互动交流可以前去论坛,地址在下面,复制去浏览器即可访问,弥补下公众号没...
数据量:6g 服务周期(天):一个月 单次最低送样量:不限制 JSR-RNAseq-01-1 RNA转录组测序(真核无参) 测序平台:lllumina 数据量:6g 服务周期(天):一个月 单次最低送样量:不限制 JSR-RNAseq-01-2 RNA转录组测序(真核有参) 测序平台:BGI
Mfn2被鉴定为关键基因,PPARα与Mfn2启动子的相互作用在hiPSC-CMs中得到验证(图6G)。USP28 mRNA水平与人类糖尿病心脏中Mfn2 mRNA水平呈正相关(图6H)。荧光素酶实验和前面的研究结果综合表明,USP28促进PPARα核定位,以促进心肌细胞中Mfn2的转录(图6J和6K)。
测序中收费标准之一来源于数据量(即测序深度),刚刚说了,市场上最流行的的RNA-seq服务数据量是6G/样本,即40M reads或者20M paired reads ,这时候确实比很多芯片都便宜了。但是如果希望更准确检测中、低丰度RNA,就需要更深度的测序保证数据可靠性,这就会导致测序成本急剧上升。下表帮大家总结了一些常见研究的测序数据...