讨论的第一部分,我们也解释过,目前RNA-seq 的数据量(一般不低于2G,对于lncRNA测序,数据量一般更大)已经足以保证大部分低丰度基因的检测。而且,从本文我们可以看到,在其他条件不变的情况下,单样本数据量从100%降低到15%,差异基因的检出率(真阳性率,TPR) 降低较为平缓。所以,单样本数据量对RNA-seq定量和差异分析...
RNAseq 主要考虑低丰度的基因是否能够被检测到,定量的结果是否准确。如果想要检测到低丰度表达,那么就需要足够的测序量,定量结果准确需要较多的生物学重复。 判定差异分析结果可靠性的指标主要包括假阳性,真阳性以及假阳性率和真阳性率几个指标。 假阳性与真阳性:如果某个基因在 RNAseq 分析结果显示为差异表达,但 qPC...
讨论的第一部分,我们也解释过,目前RNA-seq 的数据量(一般不低于2G,对于lncRNA测序,数据量一般更大)已经足以保证大部分低丰度基因的检测。而且,从本文我们可以看到,在其他条件不变的情况下,单样本数据量从100%降低到15%,差异基因的检出率(真阳性率,TPR) 降低较为平缓。 所以,单样本数据量对RNA-seq定量和差异分...
随着新一代高通量测序技术的迅猛发展,RNA-Seq技术即转录组测序技术已成为目前转录组研究的重要手段。基于Illumina高通量测序平台的RNA-Seq技术能够在单核苷酸水平对任意物种的整体转录活动进行检测,在分析转录本的结构和表达水平的同时,还能发现未知转录本和稀有转录本,精确地识别可变剪切位点以及cSNP(编码序列单核苷酸多态...
近几十年来,越来越多的研究使用RNA-seq数据探索了肺癌的潜在预后标志物,并提高了我们对肿瘤发生和进展的理解,但这些预后特征是基于RNA-seq数据,它无法检测肿瘤样本中确切的细胞和分子变化。单细胞RNA测序(scRNA-seq)能够在单细胞水...
为了弄清楚 LOXL2 过表达/沉默成纤维细胞调节 T24 细胞的机制,在 CAF 中 LOXL2 敲低后处理 RNA-seq(图 6G)。IL32 被确定为 DEG 中唯一的可溶性因子(图 6G,H)。GSEA 显示细胞因子-细胞因子受体相互作用在 LOXL2 敲低的 DEGs 中富集(图 6I)。此外,在线工具 GEPIA 显示 LOXL2 和 IL32 之间呈正相关(...
这篇文章得到的结论是:～80%以上的基因,RNA-seq的数据质量/可信度都低于芯片。市场上最流行的的6G数据量的RNA-seq,其实就是40M reads或者20M paired reads,对于研究高表达丰度的基因来说,差不多是够用了。但是对于中、低表达丰度转录本就不够用了。
作者首先用来自6名乳腺癌患者肿瘤样本进行HLA-I免疫沉淀，并进行质谱（MS）分析将MS结果与UniProt数据库、乳腺癌样本及其邻近正常乳腺样本的外显子测序（WES）、翻译组测序（Ribo-seq）和RNA测序（RNA-seq）数据进行匹配（图1a），并结合实时荧光定量PCR（RT-qPCR）实验结果，最终发现circFam53b（192-200，(ALFRLT-...
1. scRNA-seq描绘了PDAC中T细胞的分布 对6名未接受任何术前治疗的PDAC患者的4个肿瘤和4个相邻的非癌组织进行scRNA-seq。过滤掉低质量的细胞和基因后,采用t- SNE绘制胰腺组织细胞图谱。根据转录谱,细胞在两个维度上被分离成不同的簇(图1A)。通过cluster特异性基因与先前研究中已知的细胞标记基因交叉引用鉴定出13...
数据集为GSE149638, 2x101 bp paired-end RNA-seq,Illumina HiSeq 2500 with poly-A selection。源于健康人的M0和M1 macrophages。原始数据M0和M1各有48个重复。全部使用还是需要耗费一定时间和计算资源的,这里就各挑选3个重复进行练习。 数据下载 我比较喜欢去ebi里下载数据,感觉ebi下载数据更人性化一点。去ebi ...