(如PARIS,psoralen analysis of RNA interactions and structures法中)或使用生物 素亲和层析富集( 如 SPLASH,sequencing of psoralen crosslinked, ligated and selected hybrids),或通过RNase R消化去除未交联的RNA(如LIGR-seq,ligation of interacting RNA followed by RNA- seq)。连接后,去交联,然后进行RNA-seq ...
psoralen analysis of RNA interactions and structures法中)或使用生物素亲和层析富集( 如SPLASH,sequencing of psoralen crosslinked, ligated and selected hybrids),或通过RNase R消化去除未交联的RNA(如LIGR-seq,ligation of interacting RNA followed by RNA- seq)。
接下来，具体看看如何操作。step1：直接粘贴基因名称。step2：选择物种。step3：点击Express Analysis（包含...
RNA-seq数据分析流程01：illumina测序原理 目前最为常用的NGS技术，可以应用于应用于基因组的组装，还可以...
Lun AT, McCarthy DJ, Marioni JC: A step-by-step workflow for low-level analysis of single-cell RNA-seq data with Bioconductor. F1000Res 2016, 5:2122.Lun AT, McCarthy DJ, Marioni JC. 2016b. A step-by-step workflow for low- level analysis of single-cell RNA-seq data with ...
WGCNA(Weighted Gene Co-Expression Network Analysis ),即加权基因共表达网络分析,用于寻找高度相关的基因构成的基因模块module,利用模块特征基因eigengene(模块内第一主成分)或模块内的关键基因Hub gene来总结这些模块,将模块与样本性状进行关联。 1.2 其他关键术语 ...
【4】Slovin, S., Carissimo, A., Panariello, F., Grimaldi, A., Bouché, V., Gambardella, G., and Cacchiarelli, D. (2021). Single-Cell RNA Sequencing Analysis: A Step-by-Step Overview. In Methods in Molecular Biology, (Methods Mol Biol), pp. 343–365. ...
2018年12月的NC文章:Spatially and functionally distinct subclasses of breast cancer-associated fibroblasts revealed by single cell RNA sequencing() 文章研究了乳腺癌小鼠模型的768个间充质细胞转录组的单细胞RNA测序(scRNA-seq),定义了三个不同的CAF(癌症相关成纤维细胞)亚群。
WGCNA(Weighted Gene Co-Expression Network Analysis ),即加权基因共表达网络分析,用于寻找高度相关的基因构成的基因模块module,利用模块特征基因eigengene(模块内第一主成分)或模块内的关键基因Hub gene来总结这些模块,将模块与样本性状进行关联。1.2 其他关键术语...
在整个人体组织中,细胞类型、状态和相互作用是非常多种多样的,为了更好的了解这些组织和存在的细胞类型,我们需要更高分辨率的技术,而scRNA-seq提供了在单个细胞水平上表达哪些基因的信息,恰好能满足我们的需求。 scRNA-seq_cell_diversity.png(图片来源:由Ayshwarya Subramanian博士提供) ...