[9] Wei, J. et al. The GARP Complex Is Involved in Intracellular Cholesterol Transport via Targeting NPC2 to Lysosomes. Cell Rep. 2017 Jun;19(13):2823-2835.(IF=8.032) [10] Wu, W. et al. CASH: a constructing comprehensive splice site method for detecting alternative splicing events. Br...
limma的lmFit里有一个参数可以设置成method="robust"。可以看看这篇文章:Robust hyperparameter estimation protects against hypervariable genes and improves power to detect differential expression 2022-05-31· 澳大利亚 回复1 电脑很卡 作者 DESeq2的参数fitType="glmGamPoi",应该是速度更快的GLM拟合...
2. Lualdi S, Regis S, Di Rocco M, et al. Characterization of iduronate-2-sulfatase gene-pseudogene recombinations in eight patients with Mucopolysaccharidosis type II revealed by a rapid PCR-based method.Hum Mutat. 2005;...
FDR/Benjamini-Hochberg:Benjamini 和 Hochberg (1995) 定义了错误发现率 (FDR) 的概念,并创建了一种算法,以在给定独立 p 值列表的情况下将预期 FDR 控制在指定水平以下。 Q-value / Storey method:称该特征为重要时可达到的最低 FDR。例如,如果基因 X 的 q 值为 0.013,则表示 p 值至少与基因 X 一样小...
DESeq2-归一化计数:比率方法的中值(Median of ratios method) 由于用于差异表达分析的工具正在比较样本组之间相同基因的计数,因此该工具不需要考虑基因长度。然而,确实需要考虑测序深度和 RNA 组成。为了标准化测序深度和 RNA 组成,DESeq2使用比率中值方法。在用户端只有一个步骤,但在后端涉及多个步骤,如下所述。
DESeq2-归一化计数:比率方法的中值(Median of ratios method) 由于用于差异表达分析的工具正在比较样本组之间相同基因的计数,因此该工具不需要考虑基因长度。然而,确实需要考虑测序深度和 RNA 组成。为了标准化测序深度和 RNA 组成,DESeq2使用比率中值方法。在用户端只有一个步骤,但在后端涉及多个步骤,如下所述。
et al. CASH: a constructing comprehensive splice site method for detecting alternative splicing events. Brief Bioinform. 2017 Feb;1-13. doi:10.1093/bib/bbx034 (IF=5.134) [11] Chen J, et al. Network analysis-based approach for exploring the potential diagnostic biomarkers of acute myocardial ...
2.基因长度比较相同样品中不同基因之间的表达,需要考虑基因长度。在该示例中,基因X和基因Y具有相似的表达水平,但是映射到基因X的读取次数将比映射到基因Y的读取次数多得多,因为基因X更长。 04.png 3.RNA组成样品之间一些高度差异表达的基因,样品之间表达的基因数量不同或存在污染会影响某些类型的标准化方法。建议对...
近日,天津医科大学杨扬教授课题组领衔,与中国医学科学院血液病医院(中国医学科学院血液学研究所)原佳沛研究员和天津医科大学宣成昊教授合作在《Nature Communications》(IF=16.6)发表了题为“InPACT: A computational method for accurate chara...
短读长已经成了在整个转录组范围内对基因进行检测和定量的事实方法(de facto method),部分原因是这种方法比芯片成本更低,操作更方便,但是其主要原因还是因为这种方法能生成更全面,更高质量的数据,这种方法能够 对整个转录组中的基因表达水平进行定量。使用Illumina短读长测序平台进行DGE分析的核心步骤包括:RNA提取、cDNA...