在本次RNA-seq数据的比对中,我们使用的方法是Hisat2 (Hierarchical indexing for spliced alignment of transcripts),HISAT2 是一种快速灵敏的比对程序,用于将二代测序读数(DNA 和 RNA)映射到人类基因组群以及单个参考基因组。对该方法的详细介绍可参考文献: HISAT: a fast spliced aligner with low memory require...
RNA-seq数据分析 07:读段比对hisat2 在经过trimmomatic过滤,测序数据达标后,可以开始进行读段比对。 hisat2简介面对海量的高通量测序数据,如何能准确地将短读段 mapping (“回帖”)到基因组上,是至关重要的。针对这个问… 无边夜雨萧...发表于RNA-s... 历史上那些经典的RNA-Seq数据比对软件 我们知道,mRNA ...
TopHat 是一款经典的 RNA-Seq 数据比对软件,能够精确地将测序 reads 比对到基因组上。其利用 Bowtie 进行快速比对,并考虑了剪接事件,提高了对剪接变异的检测灵敏度。曾经Tophat + Cufflinks作为转录组数据分析的标准流程,不知帮多少人完成了毕业论文,可以说为转录组学的发展立下了汗马功劳。但江山代有人才出,随着...
进行读段比对时，选择合适的比对软件至关重要。其中，Hisat2是一种快速且灵敏的比对程序，适用于将二代测序读数映射到人类基因组群及单个参考基因组。此方法适用于DNA和RNA序列比对，并特别考虑了真核生物mRNA可变剪接的特性。Hisat2的详细使用指南可查阅相关文献，例如“HISAT: a fast spliced aligner w...
RNA-seq数据分析 07:读段比对hisat2 在经过trimmomatic过滤,测序数据达标后,可以开始进行读段比对。 hisat2简介 面对海量的高通量测序数据,如何能准确地将短读段 mapping (“回帖”)到基因组上,是至关重要的。针对这个问题,有许多不同的序列比对方法和软件被开发出来。2012年,发表在Bioinformatics 上面的文章 “To...
转录组数据分析是一个多步骤的过程，旨在从测序数据中获得有关基因表达水平的信息。以下是RNA-seq数据...
RNA-seq数据分析 判断测序的质量 分析的第一步,一般是先把测到的RNA片段,先mapping(比对)到基因组上。在比对完后,可以先看一下,有多少RNA片段是在靠近基因的5'端位置,又有多少片段在是靠近基因的3'端位置。 上图就是把所有的基因,都按其外显子的长度拉直,然后归一化到“0 - 100”的长度。看比对上的片段...
尽管Illumina是目前主流的RNA-seq平台,但Pacific Biosciences(PacBio)和Oxford Nanopore(ONT)能在完整的RNA分子反转录为cDNA后进行单分子长读长测序。因为消除了short RNA-seq reads需要的组装步骤,可以解决short reads测序相关的一些问题。例如:序列比对的模糊性降低,可以鉴定更长的转录本,这些有助于更好地检测转录异构...
long-read cDNA 测序 尽管Illumina是目前主流的RNA-seq平台,但Pacific Biosciences(PacBio)和Oxford Nanopore(ONT)能在完整的RNA分子反转录为cDNA后进行单分子长读长测序。因为消除了short RNA-seq reads需要的组装步骤,可以解决short reads测序相关的一些问题。例如:序列比对的模糊性降低,可以鉴定更长的转录本,这些有...
RNA测序(RNA Sequencing,简称RNA-Seq,也被称为全转录物组鸟枪法测序Whole Transcriptome Shotgun Sequencing,简称WTSS),是基于二代测序技术研究转录组学的方法,可以快速获取给定时刻的一个基因组中RNA的种类和数量。 RNA-Seq有助于查看基因的不同转录本、转录后修饰、基因融合、突变/SNP和基因表达随时间的变化,或在...