但实际上,随着测序单价的下降,目前市场上RNA-seq类项目的单样本测序量正在不断提高。以2G,PE100测序的表达谱项目为例,其对应的测序量为20M条reads。如果一条长度为1kbp的低表达基因的表达量为RPKM=0.5,其理论上可以检测到的reads数为20×0.5=10。所以低丰度基因的检测,对RNA-seq这个技术来说并非最大问题。 如...
这意味着要测序的RNA大约在100M nt(如果读长为单端100nt,相当于reads为1M) reads:高通量测序平台产生的短序列就称为reads(每次测序的读长,体现在fastq文件),也称为一个读段,reads可以是单独一条,成为Single End reads,简称SE read,也可以是两条具有物理关系的一对reads,根据reads方向,可以分为Pair-end reads...
首先, RNA-seq没有coverage这个概念，因为基因组是固定的，实实在在的染色体长度在那里放着，而RNA是跟基因的表达有关的，不同情况下基因的表达也不一样，那么我们测序得到的结果也不一样，用于表达是不断变化的，不像染色体是不变的，可以作为coverage 比较的基准，所以在判断我们测得RNA碱基量是否真实反映了当时...
介绍Watchmaker 公司的低起始量、低质量 RNA 样本的 RNA-seq 测序建库试剂盒。 这个试剂盒通过优化酶、接头、操作流程等一系列改进,做到了能够对低起始量、低质量 RNA 样本(包括从 FFPE 石蜡样本中回收的 RNA)进行RNA-seq 测序建库的目的。并且能够得到良好的测序结果。 字幕内容 今天我要给大家介绍 watchmaker 公...
大家好这里是我们的多组学分析系列课程第三章生物信息学部分,前面的章节我们聊了 1. 数量多组学分析课程的内容和应用场景(1-2期) 2. 数量多组学分析的生物学基础(3-4期) 3. 一二三代测序原理与分子标记检出(5-15期) 4. 表观组学的原理和技术(16-19期) 5. Linux必备
表观生物最新开发微量meRIP-seq技术,通过技术优化,大幅降低meRIP的样本要求量,500ng-20ug 总RNA即可满足实验要求。利用最新的去rRNA技术,可以同时检测mRNA, lncRNA及环状RNA的甲基化修饰谱,帮助研究人员对RNA转录后甲基化修饰图谱进行全面研究,是表观转录组学研究的关键技术。
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CD22 CAR-T细胞 CD19 CD4+ T细胞 甲型流感病毒 单细胞RNA测序(scRNA-seq)光蛋白(LUM) 尼塞韦单抗(Nirsevimab) 呼吸道合胞病毒(Respiratory syncytial virus, RSV) 伊奥加伊妥珠单抗(Inotuzumab ozogamicin,INO) 恩美曲妥珠单抗(Ado-Trastuzumab-Emtansine) 诺如病毒(Norovirus) 仑卡奈单抗(Lecanemab) Claudin-6 #...
在RNA-seq项目设计过程中,老师经常会问两个问题: 1)低丰度的基因是否能够被检测到(有或无); 2)基因定量的结果是否准确(高或低); 毫无疑问,提高生物学重复或提高单个样本测序量,都可以改善这些问题。 但在研究经费有限的情况下,“提高生物学重复数而降低单个样本的测序量”或 “提高单个样本测序量而降低生物学...
RNA-seq没有coverage这个概念，因为基因组是固定的，实实在在的染⾊体长度在那⾥放着，⽽RNA是跟基因的表达有关的，不同情况下基因的表达也不⼀样，那么我们测序得到的结果也不⼀样，⽤于表达是不断变化的，不像染⾊体是不变的，可以作为coverage ⽐较的基准，所以在判断我们测得RNA碱基量是否真实...