但实际上,随着测序单价的下降,目前市场上RNA-seq类项目的单样本测序量正在不断提高。以2G,PE100测序的表达谱项目为例,其对应的测序量为20M条reads。如果一条长度为1kbp的低表达基因的表达量为RPKM=0.5,其理论上可以检测到的reads数为20×0.5=10。所以低丰度基因的检测,对RNA-seq这个技术来说并非最大问题。 如...
一、数据量计算 分子生物学中基本概念与单位 nt=nucleotide, 即核苷酸数,通常用于描述单链,如RNA, primer等 bp=base pair, 即碱基对,用于描述双链的,如DNA, 双链RNA等 人类基因组有3000Mnt,其中大约1/30被用于蛋白质编码基因。这意味着要测序的RNA大约在100M nt(如果读长为单端100nt,相当于reads为1M) read...
首先, RNA-seq没有coverage这个概念，因为基因组是固定的，实实在在的染色体长度在那里放着，而RNA是跟基因的表达有关的，不同情况下基因的表达也不一样，那么我们测序得到的结果也不一样，用于表达是不断变化的，不像染色体是不变的，可以作为coverage 比较的基准，所以在判断我们测得RNA碱基量是否真实反映了当时...
介绍Watchmaker 公司的低起始量、低质量 RNA 样本的 RNA-seq 测序建库试剂盒。 这个试剂盒通过优化酶、接头、操作流程等一系列改进,做到了能够对低起始量、低质量 RNA 样本(包括从 FFPE 石蜡样本中回收的 RNA)进行RNA-seq 测序建库的目的。并且能够得到良好的测序结果。 字幕内容 今天我要给大家介绍 watchmaker 公...
大家好这里是我们的多组学分析系列课程第三章生物信息学部分,前面的章节我们聊了 1. 数量多组学分析课程的内容和应用场景(1-2期) 2. 数量多组学分析的生物学基础(3-4期) 3. 一二三代测序原理与分子标记检出(5-15期) 4. 表观组学的原理和技术(16-19期) 5. Linux必备
RNA-seq基因对应的读段数量和基因长度及测序深度有关() A.正确 B.错误 点击查看答案进入小程序搜题 你可能喜欢 下列关于费希特与康德关系中,不正确的一项是 A.费希特与康德终生保持友谊 B.费希特曾被误认为康德 C.费希特曾把自己的宗教著作寄给康德 D.费希特曾受到康德的帮助 点击查看答案进入小程序搜...
表观生物最新开发微量meRIP-seq技术,通过技术优化,大幅降低meRIP的样本要求量,500ng-20ug 总RNA即可满足实验要求。利用最新的去rRNA技术,可以同时检测mRNA, lncRNA及环状RNA的甲基化修饰谱,帮助研究人员对RNA转录后甲基化修饰图谱进行全面研究,是表观转录组学研究的关键技术。
甲基化RNA免疫共沉淀 (methylated RNA Immunoprecipitation,meRIP)基于抗体特异性结合甲基化修饰的碱基的原理,以RNA免疫共沉淀富集甲基化修饰片段为基础,然后通过高通量测序,在全转录组范围内研究发生甲基化的RNA区域,高效获得结果。 表观生物实测数据 Peak在RNA结构上的分布pie图 ...
RNA-seq测序到reads越多基因表达量一定越多。( )A. 正确 B. 错误 如何将EXCEL生成题库手机刷题 如何制作自己的在线小题库 > 手机使用 分享 复制链接 新浪微博 分享QQ 微信扫一扫 微信内点击右上角“…”即可分享 反馈 收藏 举报参考答案: B 复制 纠错 ...
我们可以使用一种称为 RNA 测序 (RNA-seq) 的技术来确定哪些基因被打开,以及它们被打开的程度,该技术可以识别构成 RNA 分子的碱基序列。 RNA 测序帮助我们了解哪些基因导致了不同细胞或组织之间有趣的差异。 例如,红细胞是在骨髓中产生的,所以我们找到血红蛋白在骨髓细胞中的RNA。 相反,皮肤细胞不需要产生血红蛋白...