Fasta格式首先以大于号“>”开头,接着是序列的标识符;换行后是序列的描述信息。换行后是序列信息,文件每行的字母一般不应超过80个字符。序列中允许存在空格,换行,空行,直到下一个大于号或文件结束,表示该序列的结束。 fasta格式是一种非常简单的储存序列的格式,可以储存核酸序列(DNA/RNA)也可以储存蛋白质的氨基酸序...
2. 获取方式 从序列文件中(FASTA)提取 从基因结构注释信息文件(GFF)中提取 3. 用法 安装GetTransTool[1] pip install GetTransTool -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple 从GENCODE fasta文件中提取最长转录本 GetLongestTransFromGencode --file example.fa.gz --outfile longest_trans_gencode.fa ...
GetLongestTransFromGTF --database ensembl --gtffile example.gtf.gz --genome example.fa.gz --outfile longest_trans_ensembl.fa# --database 基因组注释时,选择的数据库# --gtffile 注释文件# --genome 基因组序列文件# --outfile 输出文件 从GENCODE fasta文件中提取最长CDS GetCDSLongestFromGencode -...
上述流程输出的结果存放在随机文件夹中,进入该文件夹后,可以看到生成的差异表达基因结果matrix.counts.matrix.PR_vs_SR.DESeq2.DE_results文件,然后利用awk命令提取出满足条件(同时满足:|log2FoldChange| > 1,且padj < 0.05)的差异表达基因,生成新的输出文件件PRvsSR_DEGs。 drwxr-xr-x 307 Nov 29 09:54 ...
git clone https://github.com/twbattaglia/RNAseq-workflow new_workflow # 进入目录 cd new_workflow # 完整结构如下图 new_workflow 基因组下载 要查找差异表达基因或异构体转录本,您首先需要一个参考基因组进行比较。对于任何比对,我们需要.fasta格式的基因组,还需要.GTF/.GFF格式的注释文件,它将基因组中的坐...
一个新的物种(没有参考基因组)用Trinity从头组装得到的转录本fasta文件,需要将其转换成gtf文件 思路 用http://www.bioinformatics.nl/courses/RNAseq/1c%20Assembly.pdf的思路,用StringTie得到gtf 用http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=44455的思路 ...
最近研究从基因组数据生成质朴数据搜库个性化fasta文件,产生这样的思考主要是: 1)想利用同一个个体的组学数据研究疾病的发生发展,到最后的蛋白的动态变化,如果我们利用标准的uniport或者swissport数据会遗漏一些特有的碱基变异等信息,我们是否可以利用同一个人的组学数据生成一个fasta?
StarScope 软件能够构建一个和 10x cellRanger 类似的 reference index，对于人或者小鼠样本的分析，可以使用 starscope 中自带的脚本 prepare_10x_compatible_reference.sh 进行构建。如果分析其他物种，仅需准备此物种的参考基因组序列文件（FASTA）和对应的基因注释文件（GTF）就可以直接使用 mkref 命令生成 index。使用...
the databases into one folder sortmernaREF=sortmerna_db/rRNA_databases/silva-arc-16s-id95.fasta,...
测试平台:FASTASeq 300、NovaSeq 6000 分析策略:每个样本抽取SE75 20M reads用于后续分析 【 测试结果】 ■FASTASeq 300测序数据质量表现优异,平均Q30>93%。 图1. 不同样本在FASTASeq 300和NovaSeq 6000平台测序质量表现 ■FASTASeq 300病原微生物检出性能优异,与NovaSeq 6000检出水平相当。