rnaseq转录组分析? 如果我想通过RNA seq分析,我需要学会哪些东西? 关注问题写回答 邀请回答 好问题 知乎· 3 个回答 · 4 关注 生信钟关注 1、双端测序文件 处理方式:一般是看作一个文件处理,我的处理方式是在fastp数据质控后merge。 双端测序文件(R1和R2) 2、校验数据的完整性——MD5校...
1.数据获取 测序数据下载与处理(SRA Toolkit) 测序数据质控与过滤(fastp) 2.序列比对(SAMtools、HISAT2) 3.序列组装(StringTie、TACO) 4.表达定量和差异表达分析(Salmon、DESeq2) 5.GO和KEGG富集分析(clusterProfiler) ☆ RNA-seq方法原理 目的是要给mRNA测序,得到样本的基因表达信息。 llumina的Truseq RNA建库...
# linux系统安装fastqc、fastp # conda环境下直接安装 conda install fastqc conda install fastp 如果已经下载软件在特定文件夹,则需要配置fastqc环境,全局调用fasqc,方法如下: # 找到下载的软件的目录,再利用“export PATH=$PATH:路径”调用 export PATH=$PATH:/home/tianpeng/soft/FastQC # 检查是否启动成功,help...
转录组测序(RNA-Seq)的研究对象是特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有mRNA的总和。新一代高通量测序技术能够全面快速的获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息,从而准确地分析基因表达差异、基因结构变异、筛选分子标记(SNPs或SSR)等生命科学重要问题。 A workflow for RNA-seq ...
快速上手RNA-Seq分析流程 -- 上游 STEP01 质量控制 (Quality Control) -- 使用fastp # 新建 clean 文件夹存放 fastp 质控之后的数据mkdir-p clean# 单样本处理实例,默认选项fastp -w 20 -i raw/sample1_R1.fq.gz -I raw/sample1_R2.fq.gz \ ...
RNA-seq上下游分析snakemake流程 学习完snakemake后写的第一个流程是RNA-seq上游定量和下游的质控和差异分析。 使用fastp处理fastq文件,在使用START比对到基因组同时得到raw count,使用非冗余外显子长度作为基因的长度计算FPKM、TPM,同时也生成了CPM的结果。
质控这块主要使用的软件为fastp(对数据质量进行操作)和fastqc(查看数据质量如何)。 1. linux环境中进入数据目录,进行以下质控操作 for i in *gz; do fastp -i ${i} -o 输出路径/${i} -h 路径/${i}.html -j 输出路径/${i}.json --thread=4; done ...
conda install sra-tools htseq multiqc stringtie fastp macs2 sudo apt-getinstall fastqc bwa samtools bamtools trimmomatic tree pandoc unzip axel aria2 subread bowtie bowtie2 hisat2(zsh,oh-my-zsh)fastqc有时候运行有问题,最好去官网下载然后安装 ...
转录组测序(RNA-Seq)的研究对象是特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有mRNA的总和。新一代高通量测序技术能够全面快速的获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息,从而准确地分析基因表达差异、基因结构变异、筛选分子标记(SNPs或SSR)等生命科学重要问题。 A workflow for RNA-seq ...
fastp -iname_1.fastq-o name_1.fastp.fastq-I name_2.fastq-O name_2.fastp.fastq#双端 4.Trinity cd到../fastq文件夹后,执行以下命令: 双端测序命令: nohup Trinity--seqTypefq\fa--left?--right?--CPU20--max_memory50G -output../trinity_result/?.trinity& ...