Fasta格式首先以大于号“>”开头,接着是序列的标识符;换行后是序列的描述信息。换行后是序列信息,文件每行的字母一般不应超过80个字符。序列中允许存在空格,换行,空行,直到下一个大于号或文件结束,表示该序列的结束。 fasta格式是一种非常简单的储存序列的格式,可以储存核酸序列(DNA/RNA)也可以储存蛋白质的氨基酸序...
2. 获取方式 从序列文件中(FASTA)提取 从基因结构注释信息文件(GFF)中提取 3. 用法 安装GetTransTool[1] pip install GetTransTool -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple 从GENCODE fasta文件中提取最长转录本 GetLongestTransFromGencode --file example.fa.gz --outfile longest_trans_gencode.fa ...
利用hisat2软件,将fasta序列比对到参考基因组。首先需要构建索引文件,下载或者拷贝参考基因组序列文件Ref和基因组注释文件,通过hisat2-build命令构建索引文件。 cd xx/RNA-Seq_Practice cp -r xx/Ref . cd Ref gunzip -c chr.fa.gz > chr.fa #解压参考基因组 time hisat2-build -p 1 chr.fa Chr #建立...
利用hisat2-build构建索引 | 教程:RNASEQ分析入门笔记3-HISAT2建立索引并比对序列 hisat2-build -p 10 test.fasta prefix 利用以上述组装得到的fasta文件作为参考序列,用hisat2将原始的fastq文件比对到该fasta文件上,得到sam文件 hisat2 -x prefix -1 raw1.fq.gz -2 raw2.fq.gz -S test.sam &>log.t...
对于任何比对,我们需要.fasta格式的基因组,还需要.GTF/.GFF格式的注释文件,它将基因组中的坐标与带注释的基因标识符相关联。这两个文件都是执行比对和生成计数矩阵所必需的。请注意,不同数据库(Ensembl、UCSC、RefSeq、Gencode)具有相同物种基因组的不同版本,并且注释文件不能混合。在本流程中,将使用Gencode的基因...
StarScope 软件能够构建一个和 10x cellRanger 类似的 reference index，对于人或者小鼠样本的分析，可以使用 starscope 中自带的脚本 prepare_10x_compatible_reference.sh 进行构建。如果分析其他物种，仅需准备此物种的参考基因组序列文件（FASTA）和对应的基因注释文件（GTF）就可以直接使用 mkref 命令生成 index。使用...
StarScope 软件能够构建一个和 10x cellRanger 类似的 reference index,对于人或者小鼠样本的分析,可以使用 starscope 中自带的脚本 prepare_10x_compatible_reference.sh 进行构建。如果分析其他物种,仅需准备此物种的参考基因组序列文件(FASTA)和对应的基因注释文件(GTF)就可以直接使用 mkref 命令生成 index。
2.2、勾选上图中的rRNA,并按下图方式下载FASTA序列 3、Hisat2构建索引并输出未比对的fastq序列 3.1、构建索引 代码语言:javascript 复制 hisat2-build-p4rRNA.fasta rRNA 3.2、输出没有比对到rRNA的序列 代码语言:javascript 复制 foriin{48..53}doa0="hisat2 -x ~/reference/linux/hisat2/otherRNA/rRNA "...
illumina 测序原理介绍 [陈巍学基因]RNA-seq数据分析流程02：fasta文件格式，gtf与gff文件格式 (为了能够...
可以选择使用默认参数进行blast,即只需要按要求输入或上传query序列的fasta文件、选择blast程序和数据库;或者可以根据需求设置更多的参数,参数的说明可以点击问号进行查看。 举个栗子,我们想通过blast同源比对寻找我们的转录组数据中与月季转录因子MYB80同源的基因。将MYB80的fasta格式序列输入框中,选择blastn,数据库选择uni...