cd./3.fastq_qc/ln-s~/path/to/fastq/*.fastq.gz ./ fastqc -t 16 -o ./ ./*.fastq.gz 会得到一个zip文件和一个html报告 2.2、html报告解读 可以看到文件名、reads总数、读长是PE150,GC含量53%等信息。正常人类基因组的GC含量应该是43%左右,但是由于建库过程中不可避免的扩增偏倚等原因,最终的GC含...
── results/1_initial_qc/└── sample_fastqc.html<-质控结果的HTML文件 └── sample_fastqc.zip<-FastQC 报告数据 2. 过滤 使用Trim_Galore[3]删除低质量序列! 分析数据质量后,下一步是删除不符合质量标准的序列/核苷酸。有大量的质量控制包,但trim_galore结合了Cutadapt[4]和FastQC以删除低质量序列,同...
conda install fastqc FastQC使用 fastqc --help# 查看帮助文档# 基本用法fastqc[-o output dir][--(no)extract][-f fastq|bam|sam][-c contaminant file]seqfile1 .. seqfileN# 主要是包括前面的各种参数和最后面加入的N个序列文件# -o --outdir FastQC生成的报告文件的储存路径# --extract 结果文件解...
FASTQ文件可以直接通过FastQC进行质控分析。 数据格式一:BCL 对于BCL格式可以使用10x工具cellranger mkfastq,将BCL文件转换为FASTQ文件,转换需要提供csv矩阵文件(包含lane、sample和index三列数据),转换之后的FASTQ文件同样可采用FastQC进行质控。 单细胞RNA-seq数据分析总览 单细胞RNA-seq数据分析总览 1. 比对到参考基因组...
一、质控 前面我们从GEO下好了SRA数据并转换为fastq文件,现在需要对fastq文件进行质控,这里用的软件为fastqc。首先建好文件夹用来存放数据 fastqc 这步...
FastQC可以生成fastq文件的质量报告。 Basic Statistics 从read水平,概况fastq文件质量。 可从文件中获得文件名,文件类型,测试平台的版本(Encoding),总序列数,标为质量差的序列数,序列长度和GC占比。不同物种GC占比不同,人类为42%左右。 样品1 Per base sequence quality ...
$FASTQC-o result/FastQC -t$THREADS$file # begin QC fi done 结果包括html、zip两部分,html是以网页形式可视化结果,而zip则包含分析数据: 四、multiQC的使用 上一步的fastQC是对每个fastq文件生成一个报告,这样报告太多,不利于我们的分析。我们可以使用multiQC包来将fastqc的分析报告整合起来。
fastqc , multiqc, trimmomatic, cutadapt ,trim-galore 比对 star, hisat2, bowtie2, tophat, bwa, subread 计数 htseq, bedtools, deeptools, salmon 参考资料: https://www.genek.cn https://blog.csdn.net/bio_meimei/article/details/109458283 ...
▉ 软件功能：3‘-RNA-seq pipeline • 通过 cutadapt 对原始 reads 进行过滤和质控，将低质量碱基和 N 碱基切除掉，利用 fastqc 生成包含碱基比例分布的报告，协助用户判断 library 是否异常。• 利用 STARsolo 将过滤后的 reads map 回 reference genome，自动完成 barcode 和 UMI 序列的识别和纠正，并根据...
• 通过 cutadapt 对原始 reads 进行过滤和质控,将低质量碱基和 N 碱基切除掉,利用 fastqc 生成包含碱基比例分布的报告,协助用户判断 library 是否异常。 • 利用 STARsolo 将过滤后的 reads map 回 reference genome,自动完成 barcode 和 UMI 序列的识别和纠正,并根据 mapping 结果生成 feature-barcode 矩阵。