一般来说,fastq 文件是使用质量控制工具(如 FastQC)进行预处理的。这将输出一系列评估序列 reads 质量的指标。⚠️但是fastq文件不一定是 单细胞 RNA-SeqFASTQ 文件是一种通用的测序数据格式,广泛应用于各种类型的测序实验,包括但不限于: 常规的 RNA-Seq(转录组测序) DNA-Seq(基因组测序) ChIP-Seq(染色质...
-o reads.1.fq去接头后的输出文件 -p reads.2.fq去接头后的输出文件 示例: $ cutadapt -a AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCAC -A AGATCGGAAGAGCGTCGTGTAGGGAAAGAGTGT -q 30 -m 75 --trim-n --report=minimal -o Ctrl-1_out1_R1.fastq.gz -p Ctrl-1_out1_R2.fastq.gz Ctrl-1_combined_R1...
上述4 个参数是基本参数,如果输入文件是 FASTQ 文件,并按第一步建了索引文件,即可直接进行比对。 1.3 结果文件解读 hisat2 -p 8 -x $RNA_REF_INDEX -1 BB.read1.fastq.gz -2 BB.read2.fastq.gz -S ./HBR_Rep3.sam 生成的 sam 文件格式如下: 第1列:reads名称; 第2列:Flag标签;Flag标签是二进...
-1 :表示第一个测序文件 -2:表示第二个测序文件。如果是双端测序就有两个文件。而且经过去接头,质控等操作后的fastq文件 -S:表示输出文件格式。.sam文件 samtoolsview 3b-mc1.sam|head 看sam 文件的具体内容 sam文件的具体内容 step4、htseq工具计算count值 按照name排序 samtools sort -n 3b-mc1.bam > ...
它可以接受FASTQ文件(或BAM文件)作为输入,并生成一个详细的HTML报告,帮助你快速了解数据的基本情况。以下是使用FastQC的基本步骤: 接受FASTQ文件作为输入:你可以使用通配符(如*.fq)一次性处理多个文件。 生成摘要图表:FastQC会生成一系列图表,帮助你直观地了解数据的分布和质量。
说了这么多闲话,下面进入正题。在我们终于拿到了fastq文件之后,又该做些什么呢? 1、fastq文件简介 1.1、格式简介 fastq格式是一种包含质量值的序列文件,其中的q为quality,一般用来存储原始测序数据,扩展名一般为fastq或者fq。目前illumina测序,BGISEQ,Ion Torrent,pacbio,nanopore都以fastq格式存储测序数据,其中illumina,...
处理任何样本之前的第一步是分析数据的质量。fastq文件中包含质量信息,指的是每个碱基检出的准确度(% 置信度)。FastQC 查看样品序列的不同方面:接头污染、序列重复水平等) 1.1. 安装 同时创建新的环境 conda create -n rna-seq -c bioconda fastqc -y ...
把RNA-seq(2)-2下载的sra文件转换为fastq格式的测序文件,并且用fastqc软件测试测序文件的质量,理解各指标的意义。 1 数据解压:用samtools中的fastq-dump将sra格式转为fastq格式 代码语言:javascript 复制 #先启动python3环境 kelly@DESKTOP-MRA1M1F:/mnt/f/rna_seq/data$ source~/miniconda3/bin/activate#查看fas...
数据处理思路大概是这样的,第一步应该是要得到.fastq并且执行QC/trimming/alignment 得到.fastq 首先我们需要把待处理的文件从/work/MSc_Resources.tar给复制到自己的地盘上 cp /work/MSc_Resources.tar /work/你的学号/ 这时候你会看到这个带有.tar后缀的文件,这也叫做tarball file,是某一种(并不)罕见的文件格式...