一般来说RNA-seq数据,会采取PE100或者PE150的策略,这样的长度其实是很难发生基因组的多比对情况的。 这个时候可以思考一下会不会是基因组的重复序列或集中成簇,根据分布把重复序列分为分散重复序列(Interpersed repeat)和串联重复序列(Tendam repeat)两大类,然后根据两大类中重复序列长度在细分为几个子类。 定量的...
生成的_val_fastq.gz文件是原始文件去完接头后得到的文件。通过网页打开质控文件,看看是否去接头成功。 step3:比对到参考基因组上。hisat2 1、下载参考基因组和注释文件 基因组注释文件 参考基因组 基因注释文件具体内容 2、建立索引 hisat2-build /public/home/st11/sequence/ReferenceData/hg38/hg38.fa genome...
fastq格式是一种包含质量值的序列文件,其中的q为quality,一般用来存储原始测序数据,扩展名一般为fastq或者fq。目前illumina测序,BGISEQ,Ion Torrent,pacbio,nanopore都以fastq格式存储测序数据,其中illumina,BGISEQ一般是双末端测序,一般是一对文件,命名为_R1.fq.gz与_R2.fq.gz。下面是fastq格式常见的序列格式。 代码...
经过质控后的fastq文件就可以进行后面的比对分析了。 二、fastqc报告解读 本文参考: https://blog.csdn.net/qq_44520665/article/details/113779792 Basic Statistics Basic statistics是该fastq一些基本信息: Filename:文件名 File type: 文件类型 Encoding:测序平台的版本和相应的编码版本号,用于计算Phred反推error P时...
fastqc [-o output dir] [--(no)extract] [-f fastq|bam|sam] [-c contaminant file] seqfile1 .. seqfileN 参数: -o 输出目录,需自己创建目录 --(no)extract 是否解压输出文件,默认是自动解压缩zip文件。加上--noextract不解压文件。 -f 指定输入文件的类型,支持fastq|bam|sam三种格式的文件,默认自...
RNA-seq的fastq文件里面为什么有gc含量的双峰 fastq测序数据质控的时候 首先fastq测序数据质量控制表格就发现质量差的可怜,而且居然有GC含量的双峰,如下: 遇到这样的情况,就必须单独看具体的每个样本,上面的GC含量图表是项目里面全部的样本的multiqc汇总图表。
首先,使用如FastQC等工具对原始的RNA-Seq数据(通常是FASTQ格式)进行质量控制检查。根据质量控制的结果,...
本文介绍RNA-seq的具体分析流程。 1、cutadapt去接头 我们拿到的测序数据一般是带有接头的fastq格式文件,需要用cutadapt把接头去掉。具体代码如下: #cut NAT sample#-u 20(正值u表示切除R1的前20个碱基) -u -30(负值u表示切除R1的前20个碱基)/#-U 20(正值U表示切除R2的前20个碱基) -U -30 (负值U表示切...
最后申请SRA,上传raw fastq,填入project ID和sample ID; 表的前面就是copy刚申请好的biosample的ID,后面主要就是填fastq的filename,10x的file不多,每个sample所需的fastq列在后面就行。 ascp上传脚本可以参照下面 建一个上传文件夹 ln -s建立软链接
$ hisat2 -p 8 --dta -x /path/to/file/hg19/genome -1 Ctrl-1_out_R1.fastq.gz -2 Ctrl-1_out_R2.fastq.gz -S Ctrl-1_out.sam 主要参数: -p 线程数 -x 指定索引文件 -1 指定第一个FASTQ文件 -2 指定第二个FASTQ文件 -S 输出的SAM文件 ...