2016年1月26日,国际知名学术期刊Genome Biology发表了题为“A survey of best practices for RNA-seq data analysis”的综述文章,总结了RNA-seq数据分析中的所有主要步骤,并对转录组学新技术的前景进行了展望。 Abstract RNA测序技术(RNA-seq)具有广泛的应用,但并非所有情况下都可以使用单一的分析流程。本文回顾了RN...
目前可用的scRNA-seq protocol 根据捕获的转录覆盖率主要可分为两类:(i)全长转录测序方法[如Smart-seq2 (Picelli et al., 2013)、MATQ-seq (Sheng et al., 2017)和SUPeR-seq (Fan X. et al., 2015)];和(ii) 3 -端, Drop-seq (Macosko et al. ,2015), Seq-Well (Gierahn et al., 2017),...
1--1,1--2为对照组，使用ttest进行差异表达分析计算。当然你也可以使用wilcox来计算。此外deseq2也是...
rna-seq数据分析基本流程 英文版 RNA-Seq Data Analysis: A Basic Workflow RNA-Sequencing (RNA-Seq) has revolutionized the field of genomics, providing unprecedented insights into gene expression patterns. The basic workflow for RNA-Seq data analysis involves several crucial steps, each crucial for ...
Single-Cell RNA-Seq Technologies and Related Computational Data Analysis 单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术允许在单细胞分辨率下解析基因表达,这极大地改变了转录组学研究。目前已经开发了大量的scRNA-seq protocol,这些protocol各有特点,各有优缺点。由于技术限制和生物因素,scRNA-seq数据比 bulk RNA-seq数据更嘈杂、更...
A survey of best practices for RNA-seq data analysis ,我把它叫做RNA-seq数据分析指南。这篇文章是由佛罗里达大学等单位的研究人员在1月26日发表在Genome Biology上的,该期刊的影响因子有10.8分。这是这篇文章的通讯作者,应该挺靠谱的。 新一代测序技术在爆炸式发展的同时,也衍生出许多其他技术创新。RNA-Seq就...
A survey of best practices for RNA-seq data analysis ,我把它叫做RNA-seq数据分析指南。这篇文章是由佛罗里达大学等单位的研究人员在1月26日发表在Genome Biology上的,该期刊的影响因子有10.8分。这是这篇文章的通讯作者,应该挺靠谱的。 新一代测序技术在爆炸式发展的同时,也衍生出许多其他技术创新。RNA-Seq就...
四、RNA-seq数据分析(RNA-seq data analysis) 简单来讲,RNA-seq数据DGE分析可以分为4步(如下图1): 图1 差异分析的数据流程 reads的比对和组装 reads的比对和组装(alignment and assembly of sequencing reads)这一步是将获得的Fastq文件对比在已知的转录组上,针对有参...
这一结果得到了单通道Illumina GA测序结果的实验验证。但是,伯松分布分析结果常常在多组重复的样品间带来较高的假阳性,因为它低估了生物取样的样品间误差。所以RNA-seq如何设置重复是一个很重要的问题。为了平衡重复样品所带来的误差,人们使用了serial analysis of gene expression (SAGE) data。
第一部分:将RNA-seq数据映射到参考基因组上 第二部分:将RNA-seq数据映射到参考转录组上,并且生成基因表达矩阵,用于第三部分分析 第三部分:使用DESeq包鉴定差异表达基因(成对), 第四部分:对差异基因进行后续的GO和KEGG注释 1 目标 RNA-Seq 模块的目标是说明如何处理和分析 RNA-Seq 数据以识别差异表达基因 (DGE...