接下来,将用 DS1 数据作为例子,展示如何在 R 中通过 scvelo 包进行 RNA 速度分析,方法上类似于前面提到的 PAGA。 RNA 速度分析 RNA 速度分析需要分别准备细胞的外显子和内含子计数矩阵。但遗憾的是,目前最常用的 10x Genomics scRNA-seq 平台的标准预处理工具 CellRanger 只统计外显子区域的转录本数量,所以需要...
理论上，任何聚类方法都可以应用于 scRNA-seq 数据，包括层次聚类和 k-means 等常用于 bulk RNA-seq ...
然后用 RStudio 打开之前的DEanalysis目录,创建一个de_script.R文件,写入下面的注释,并保存。 ## Gene-level differential expression analysis using DESeq2## 使用 DESeq2 进行差异表达基因分析 完成以上步骤后,最后的工作目录如下图: 5. 加载包 分析将使用几个 R 包,一些是从CRAN安装的,另一些是从Bioconduct...
Heat map analysis of RNA-seq data using RStudioRaymond A EnkeAshton Holub
RNA sequencing (RNA-seq) has been rapidly adopted for the profiling of transcriptomes in many areas of biology, including studies into gene regulation, development and disease. Of particular interest is the discovery of differentially expressed genes acr
然后用 RStudio 打开之前的DEanalysis目录,创建一个de_script.R文件,写入下面的注释,并保存。 ## Gene-level differential expression analysis usingDESeq2## 使用 DESeq2 进行差异表达基因分析 完成以上步骤后,最后的工作目录如下图: working directory
R语言实现时序RNA-seq分析 提到RNA-Seq差异表达分析,大家首先想到的癌症与癌旁组织的表达差异分析。然而如果想探究不同时间下对目标产生的影响,此方法便失去作用,那么便出现了时序RNA-seq。今天我们为大家介绍一个可以做时序RNA-seq分析的R包maSigPro。 首先我们看下其安装还是需要借助bioconductor库进行安装,具体步骤...
RNA-Seq数据,在这里指的是基于NGS测序技术,在转录组水平对样本中基因表达进行定量,得到的counts数据,比如HTseq,hisat2,RSEM等上游定量分析软件得到的counts矩阵。 得到样本基因表达数据后,我们通常会对不同样本分组,然后进行差异表达分析,将基因表达变化与表型联系起来,解释与表型...
rna-seq数据分析实用方法.pdf,RNA-seq Data Analysis A Practical Approach CHAPMAN HALL/CRC Mathematical and Computational Biology Series Aims and scope: This series aims to capture new developments and summarize what is known over the entire spectrum of mat
The ubiquity of RNA-seq has led to many methods that use RNA-seq data to analyze variations in RNA splicing. However, available methods are not well suited for handling heterogeneous and large datasets. Such datasets scale to thousands of samples across dozens of experimental conditions, exhibit ...