. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .1.3 RNA-Seq Analysis Workflow . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ....
注意 data peeking 的发生(Data peekinggoes something like this: you run some subjects, then do an analysis. If it comes out significant, you stop. If not, you run some more subjects and try again) 3. Normalization 归一化和标准化的区别 https://cloud.tencent.com/developer/article/1486102 常...
基于以上问题,作者综述了目前scRNA-seq分析流程、步骤和方法(Figure 1),提出了一套目前最佳的实践分析流程,详见theislab/single-cell-tutorial. 这套分析流程在Jupyter–Ipython notebook 进行,包括R和python语言,可推荐作为一套分析模版。 Figure 1. Schematic of a typical single-cell RNA-seq analysis workflow. ...
大多数scRNA-seq数据集都很复杂,其结构无法被两个或三个主要成分捕获,当前的最佳的降维方法是均匀流形逼近和降维投影(UMAP),该算法使用一个单元间最近邻网络来近似数据的拓扑,然后估计最能保留该结构的低维数据结构,然后嵌入, UMAP能够更好地保存数据高维空间结构,因此可以在很大程度上取代t分布随机邻近嵌入(t-SNE)...
Theis在Molecular Systems Biology上发表文章详述了单细胞RNA-seq分析的经典步骤,包括数据预处理(质量控制,归一化,数据校正,特征选择以及降维),细胞层面和基因层面的下游分析。本文通过独立比较不同算法给出最好的实践推荐。相关算法见:https://www.github.com/theislab/single-cell-tutorial。 ——主要内容—— 1 ...
完成RNA-seq的分析流程通常包括以下几个步骤: 1. 获取数据:首先从实验室或公共数据库获取原始的测序数据,这些数据通常以FASTQ文件的形式存在。 2. 质量控制:使用工具(如FastQC)对原始数据进行质量评估,以确保数据的可靠性。 3. 序列比对:使用比对工具(如HISAT2、STAR等)将测序数据与参考基因组进行比对,生成SA...
hisat2-t-q-X500-x/data/yujia/biosoft/ref_data/genome/ensemble_38_93/Homo_sapiens.GRCh38.93_genome_tran-1/data/yujia/jzm/aml/data/RNAseq/SRR8366760.sra_1.fastq-2/data/yujia/jzm/aml/data/RNAseq/SRR8366760.sra_2.fastq-S SRR8366760.bam ...
单细胞RNA-seq数据分析最佳实践(中) 作者| 周运来 男, 一个长大了才会遇到的帅哥, 稳健,潇洒,大方,靠谱。 一段生信缘,一棵技能树, 一枚大型测序工厂的螺丝钉, 一个随机森林中提灯觅食的津门旅客。 文章信息 Luecken MD, Theis FJ. Current best practices in single-cell RNA-seq analysis: a tutorial. ...
RNA Seq 数据分析 RNASeq:A(soontobeoutdated)Tutorial ABriefHistoryofSequencingandGeneExpression TagBasedSequencingApproachesFrederick“Fred”Sanger SerialAnalysisofGeneExpression(SAGE)CapAnalysisofGeneExpression(CAGE)Massivelyparallelsignaturesequence(MPSS)HybridizationBasedGeneExpressionQuantification LimitationsofSanger...
Luecken MD, Theis FJ. Current best practices in single-cell RNA-seq analysis: a tutorial. Mol. Syst. Biol. 2019, 15: e8746. 前文回顾 单细胞RNA-seq数据分析最佳实践(上) 单细胞RNA-seq数据分析最佳实践(中) Downstream analysis 预处理后,我们称之为下游分析的方法被用于提取生物学见解并描述潜在...