6. Stages of pre-processed data 尽管上述内容按顺序概述了scRNA-seq中常见的预处理步骤,但下游分析通常更喜欢采用不同层次的预处理数据,并且建议根据下游应用来适应预处理。 预处理分为5个数据处理阶段 raw data normalized data corrected data feature-selected data dimensionality-reduced data 这些数据处理的不同...
在bulk-seq中,去除批次效应可以用ComBat进行矫正,其原理是利用线性模型分开生物学效应项和批次效应项,可阅读关于批次效应的若干问题 但是这种方式并不适合与单细胞数据,因为原始的单细胞表达矩阵中,我们无法得知确切的细胞类型,不像bulk-seq,我们可以提前得知每个样品的处理方式(在单细胞中,不同的处理方式可以理解为不...
RNA Seq 数据分析 RNASeq:A(soontobeoutdated)Tutorial ABriefHistoryofSequencingandGeneExpression TagBasedSequencingApproachesFrederick“Fred”Sanger SerialAnalysisofGeneExpression(SAGE)CapAnalysisofGeneExpression(CAGE)Massivelyparallelsignaturesequence(MPSS)HybridizationBasedGeneExpressionQuantification LimitationsofSanger...
本文主要基于两个案例研究教程(https://www. github.com/theislab/single-cell-tutorial 和http://scrnaseqcourse.cog.sanger.ac.uk/website/index.html)。 2.数据矩阵生成和质量控制 单细胞分析的一个关键技术进步是barcode的发展,它允许大规模并行化,同时保持成本最低。barcode被添加到在逆转录过程中的RNA分子...
差异基因表达(DE)已成为bulk RNA-seq中最重要的应用之一,因为它提供了一系列在两个或多个生物条件之间受干扰的基因。scRNA-seq的DE分析更具挑战性,因为我们不仅仅是比较每个基因的单个值,而是需要比较基因表达水平的分布。单细胞数据特有的另一个挑战是,我们想要比较的细胞组不是先验定义的。相反,这些组通常是基于...
Luecken MD, Theis FJ. Current best practices in single-cell RNA-seq analysis: a tutorial. Mol. Syst. Biol. 2019, 15: e8746.前⽂回顾 单细胞RNA-seq数据分析最佳实践（上）Pre-processing and visualization Normalization 计数矩阵中的每个计数代表细胞 mRNA 分⼦的成功捕获、逆转录和测序（框 1）...
Luecken MD, Theis FJ. Current best practices in single-cell RNA-seq analysis: a tutorial. Mol. Syst. Biol. 2019, 15: e8746. 前文回顾 单细胞RNA-seq数据分析最佳实践(上) Pre-processing and visualization Normalization 计数矩阵中的每个计数代表细胞 mRNA 分子的成功捕获、逆转录和测序(框 1)。由...
图1.典型的单细胞RNA-seq分析工作流程。 ——预处理与可视化—— Raw data经过处理后得到read counts矩阵或counts矩阵,软件包括Cell Ranger, indrops, SEQC,以及read质控的zUMIs。以下所说的data均指count矩阵。 质量控制(Quality Control,QC) 在分析单细胞基因表达数据之前,我们需要保证所有的细胞标记数据均来自于活...
In this tutorial, we provide an overview of computational analysis of bulk RNA-seq data for immune characterization of tumors and introduce commonly used computational tools with relevance to cancer immunology and immunotherapy. These tools have diverse functions such as evaluation of expression ...
A survey of best practices for RNA-seq data analysis | Genome Biology | Full Text (biomedcentral.com) 也可以直接使用 https://github.com/nf-core/rnaseq 如果说学生信,无非几个问题 1 linux常见命令 2 github和常见软件应用 3 R语言统计和画图 4 python语言编程 说到RNA-seq,那么mRNA,lncRNA,circRNA...