联合Iso-seq、RNA-seq和CTCF ChIP-seq等技术,探讨了由CTCF调控的肉嫩度相关的新异构体,并揭示了选择性剪接产生异构体的可能调控机制。爱基百客为该研究提供ChIP-seq的技术支持。 01研究背景 肉嫩度由几个内在因素(如蛋白水解活性、糖原量、纤维类型和结缔组织)和外在因素(如动物品种和营养条件)决定。在这些因素中...
基于PacBio技术的Iso-Seq能够检测长达15 kb的全长转录本cDNA reads,这有助于发现大量先前未注释的转录本,并通过全长测序确认了早期基于跨物种同源序列的基因预测结果。在标准的Iso-Seq实验流程中,模板置换逆转录酶可以将高质量RNA转化为用来测序的全长cDNA。然后将得到的cDNA进行PCR扩增,并构建PacBio单分子实时(sing...
转录组测序（RNA-Seq，RNA sequencing）是通过高通量测序技术对生物体内全部转录产物（包括mRNA、非编码RNA等）进行测序的技术。转录组测序能够定量检测基因表达、发现新的转录本、分析基因结构变异和识别基因表达调控网络，是揭示基因功能和调控机制的重要手段。一、转录组测序的概念与原理 转录组是指一个细胞、组织或生...
由于目前ONT全长转录组存在2种文库准备的方法，可分为ONT isoform定量全长转录组（ONT iso-seq）和ONT...
基于PacBio技术的Iso-Seq能够检测长达15 kb的全长转录本cDNA reads,这有助于发现大量先前未注释的转录本,并通过全长测序确认了早期基于跨物种同源序列的基因预测结果。在标准的Iso-Seq实验流程中,模板置换逆转录酶可以将高质量RNA转化为用来测序的全长cDNA。然后将得到的cDNA进行PCR扩增,并构建PacBio单分子实时(sing...
转录组,也叫做 RNAseq,是指特定类型细胞中全体转录本的集合。在转录组中,既包括编码蛋白的信使 RNA(mRNA),也包括不编码蛋白的 rRNA,tRNA,小RNA,lncRNA 等非编码 RNA。这些 RNA 转录本彼此协同作用,共同来调控细胞的生长,发育,凋亡等一系列重要的生理过程。对于转录
一、不同平台 RNAseq 研究的比较 在前面介绍过不同测序平台的优势,目前市场上主流测序平台主要包括短读长测序的 illumina 测序平台,华大基因的 MGI 测序平台,长度长测序的 Pacbio 测序以及牛津纳米孔 nanopore 测序。在 ncbi 的 sra数据库中,目前超过 95%的的数据均来自于 illumina 测序,这一方面是由于 illumina ...
2009年,耶鲁大学的科学家如此评价RNA测序:这些使用RNA-Seq的研究已改变了我们对真核转录组复杂程度的看法。RNA-Seq能够比其他方法更准确地测量转录本及其他异构体的水平。如今,分子生物学家已将RNA-Seq视为探索RNA的最灵敏方法。
主页> 问答中心> 多组学分析FAQ汇总> 基于Illumina的RNA-Seq与PacBio上的Iso-Seq相比如何? 一般来说,当对定性终点感兴趣时,Iso-Seq优于Illumina方法,例如选择性剪接、选择性多聚腺苷酸化、基因组注释和新转录本检测。对于定量评估(例如,一个样本中转录本A与B的表达,或样本1与样本2中转录本C的表达),推荐使用短...
随着全长RNA-seq reads数目增加,转录本检测的灵敏度将会达到Illumina平台的水平,但有着更高的特异性。通过将Illumina 的短读长RNA-Seq与PacBio的长读长Iso-Seq结合 (并且可能还与ONT方法结合),在保留转录本定量质量的基础上,可以增加RefSeq注释的全长转录异构体检测的数量、灵敏性和特异性。尽管当前长读长RNA-seq...