本书全面介绍了RNA-seq数据分析的基本原理和方法，内容涵盖数据分析的整个工作流程，包括质量控制、作图、组装、统计检验和代谢途径分析等。书中在进行理论讲解的同时，还使用了较多实例，不仅生物信息学家，甚至没有相关分析经验的研究人员也均可参照这些实例进行分析。图书目录 第1章RNA－seq简介 第2章RNA－seq数据...
单细胞RNAseq技术允许对单个细胞进行高通量的表达分析,极大地提高了我们完成这项任务的能力。目前,大多数scna -seq数据分析都是采用无监督聚类方法进行的。根据丰富的marker基因,亚群通常被分配到不同的细胞类型。然而,这个过程是低效和武断的。在本研究中,我们提出了一个训练可扩展监督分类器的技术框架,以便在输入单...
《RNA-Seq策略探索福氏志贺氏菌体内外表达谱差异》是依托中国人民解放军军事科学院军事医学研究院，由王恒樑担任项目负责人的面上项目。中文摘要 痢疾是由志贺氏菌引起的严重肠道传染病，在今后相当长时间内仍将是传染病防治工作中的重点。本项目计划拟通过以Solexa测序方法为基础的转录表达谱研究（RNA-Seq），获得...
《用RNA-Seq新技术筛选和鉴定与荔枝落果相关的基因》是依托华南农业大学，由李建国担任项目负责人的面上项目。项目摘要 该项目以华南特色果树荔枝为对象，落果是其生产中亟待解决的一个瓶颈问题，果实脱落与调控的分子机理也是当今果实发育领域研究的一个热点问题。该项目在科学严谨的田间试验设计（植物生长调节剂延迟和...
《高通量RNA-Seq测序数据的基因表达水平建模研究》是依托南京航空航天大学，由刘学军担任项目负责人的面上项目。项目摘要 高通量RNA-Seq测序技术近年来大量应用于基因表达水平（GEL）的测量，GEL计算的准确性对后续分析正确得出生物学结论具有至关重要的作用，但该技术中各种系统噪声的存在为GEL的计算带来了挑战。现有方法...
根据对标准物质RNA-seq数据分析和噪声消除的研究结果，提出一套从实验设计到数据分析的有效控制噪声指南，撰写RNA-seq实验与数据分析白皮书，从实验设计、样品收集、数据产生、处理和解读等全流程规范化操作的技术标准初稿，并在此基础上建立参比数据，为新的高通量技术和算法开发提供数据参考，为保证转录组实验和分析的可...
细胞类型识别对于单细胞RNA测序(scRNA-seq)研究至关重要,目前正改变着生命科学。CHETAH(分级分类辅助的细胞类型表征,CHaracterization of cEll Types Aided by Hierarchical classification)是一种精确的细胞类型识别算法,具有快速和选择性,包括中间或未分配类别的可能性。分配的证据基于以前可用的scRNA-seq参考数据的分类树...
最近的进展之一是Patch-Seq的发展,Patch-Seq是一种结合使用膜片钳记录和RNA-Seq技术来了解全脑切片细胞的技术。虽然这种技术与本文提出的方案有相似之处,但重要的是要注意,我们的方法允许组织保持完整,以保持细胞的健康。在这里,我们提出了一个优化协议该联盟产生高质量的单细胞文库以使用RNA-Seq获得高读取深度和测绘...