所谓有参 RNAseq,主要是指有参考序列的 RNAseq 分析,如图所示,对于有参RNAseq 不需要对转录本进行拼接,而是将测序数据与参考基因组序列进行短序列比对,所有分析内容基于比对结果进行计算,包括差异表达基因筛选,可变剪切,预测新转录本等分析。 RNAseq denovo 分析中, 需要先进行拼接,拼接出一个基因集,然后将这个基因...
RNA-seq即转录组测序技术(Transcriptome sequencing),广义的定义为:对细胞内所有RNA(包括rRNA/ tRNA/ mRNA等)进行高通量测序,狭义的定义为:对细胞内mRNA进行高通量测序,临床检验实验室指的一般为狭义的转录组测序。 融合基因 融合基因(Fusion genes , FG)是...
RNA-seq即转录组测序技术,就是把mRNA,smallRNA等用高通量测序技术把它们的序列测出来,反映出它们的表达水平。 mRNA:信使message RNA是由DNA的一条链作为模板转录而来的、携带遗传信息的能指导蛋白质合成的一类单链核糖核酸。 small RNA:小分子RNA是一类长约20~30个核苷酸的非编码RNA分子,是一大类调控分子,包括:mi...
RNA-seq是一款可用于研究和/或定量两个或多个条件下基因表达的实验技术。 众所周知,基因可以给蛋白质的合成提供指导,而蛋白质会在细胞中发挥一定的作用。尽管所有的细胞都包含相同的DNA序列,肌肉细胞同神经细胞以及其他类型的细胞还是不同的,原因在于在这些细胞中被开放(turned on)的基因不同,产生的RNA和蛋白质也...
1. 什么是RNA-seq？细胞是房子，DNA是房屋设计图，RNA和蛋白质就是砖瓦木石。以DNA为模板，转录成RNA...
基本概念 RNA-seq：基于二代测序技术，研究特定细胞在某一功能状态下所有RNA的功能，主要包括mRNA和非编码RNA。能够全面快速地获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息，已广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。Q20,Q30：Phred 数值大于20、30的碱基占总体碱基的百分比，其中Phred=-...
1、RNA-Seq名词解释1.index测序的标签,用于测定混合样本,通过每个样本添加的不同标签进行数据区分,鉴别测序样品。2.碱基质量值(Quality Score或Q-score)是碱基识别(Base Calling)出错的概率的整数映射。碱基质量值越高表明碱基识别越牢靠,碱基测错的可能性越小。3.Q30碱基质量值为Q30代表碱基的精确度在99.9%。4....
RNA-seq名词解释 诺禾致源转录调控研究部 2014.03.21 基本概念 RNA-seq:基于二代测序技术,研究特定细胞在某一功能状态下所有 RNA的功能,主要包括mRNA和非编码RNA。能够全面快速地获 得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信 息,已广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。 Q20,Q30:Ph...
定义与发展历程发展历程定义技术原理RNA-seq基于高通量测序平台,将RNA分子转化为cDNA文库,然后通过测序仪对文库中的DNA片段进行测序,最终得到RNA的序列信息。流程RNA提取→RNA质量检测→文库构建→上机测序→数据分析。技术原理及流程优缺点分析优点高通量、高灵敏度、高分辨率、可重复性好。缺点技术复杂度高、数据分析...