6份RNA-seq数据比对到更新的基因组注释文件,用以鉴定DDH和DHH之间的差异表达异构体。共鉴定到624个差异表达异构体。这624个差异表达异构体从492个基因转录而来,暗示一些基因可以产生超过1个差异表达异构体。 所有检测到的差异表达异构体显著富集于280个GO项;显著富集于17个KEGG通路(图4)。最重要的途径是胰高血糖素...
可使测序通量提高16倍,获得基因表达及全长isoform信息,在单细胞水平上揭示RNA异构体多样性。 Kinnex 全长 RNA 试剂盒可进行全长 RNA 测序,与典型的Iso-seq文库相比,其通量提高了8倍,可实现从5’端到3’端全长异构体测序,准确表征剪接位点,发现新基因和新异构体,鉴定融合基因,并获得基因及异构体read计数信...
主页> 问答中心> 多组学分析FAQ汇总> 基于Illumina的RNA-Seq与PacBio上的Iso-Seq相比如何? 一般来说,当对定性终点感兴趣时,Iso-Seq优于Illumina方法,例如选择性剪接、选择性多聚腺苷酸化、基因组注释和新转录本检测。对于定量评估(例如,一个样本中转录本A与B的表达,或样本1与样本2中转录本C的表达),推荐使用短...
1. Convert RNA → cDNA 2. cDNA → Single Molecular Real Time (SMRTbell) library 3. Sequence on the Sequel System 4. Generate circular consensus sequences (CCS)图1 Pacbio SMRT测序原理及HiFi reads与short reads的比较PacBio ISO-seq 测序优势PacBio ISO-seq长读长测序减少了组装误差,使研究者能...
两种转录组学研究方法的主要区别在于全长转录组无需转录本拼接，侧重于转录本结构分析；二代转录组需要拼接，侧重于基因表达分析。2全长转录组怎样选择样本？RNA具有时空表达特异性，因此在样本选择时需要根据研究目的进行样本挑选。若要构建全长转录本库，则可挑选不同的组织部位分别提取RNA，等量混合进行全长转录组...
Codes for the Iso-Seq variant-calling paper. Contribute to vladimirsouza/lrRNAseqVariantCalling development by creating an account on GitHub.
一、不同平台 RNAseq 研究的比较 在前面介绍过不同测序平台的优势,目前市场上主流测序平台主要包括短读长测序的 illumina 测序平台,华大基因的 MGI 测序平台,长度长测序的...如人的转录组中,50%的转录本长度大于 2500 bp,转录本长度范围在 186 bp 到 109 kb。...全长转录组(Iso-Seq)是指利用三代单分子实...
Python scripts for matching output of Pacific Biosciences IsoSeq RNA-seq pipeline to an annotation file. - TomSkelly/MatchAnnot
2.2. RNA-Extraction, RNA-seq and Iso-seq A Trizol reagent Kit (TaKaRa, Kusatsu, Shiga, Japan) was used to extract the total RNA from six muscle tissues. Then, Nanodrop 2000 (Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA, USA) and a 2100 Bioanalyzer (Agilent Technologies, Waldronn, Germany) were...
作者利用RNA-Seq来分析β-葡聚糖预处理的肿瘤相关中性粒细胞 (TANs) 和肿瘤相关单核细胞。结果发现:来自β-葡聚糖“训练”小鼠的TAN的转录组谱发生了变化。其中,β-葡聚糖“训练”小鼠的TANs与TAN1的抗肿瘤特征显著正相关。与吞噬作用有关因子的基因表达以及抗原递呈相关基因的表达在β-葡聚糖“训练”小鼠的TANs...