STAR(Spliced Transcripts Alignment to a Reference)是用于将RNA-seq读取数据与参考基因组序列进行高度准确和超快速的剪接感知(_splice aware)_比对的工具。注意,STAR是一个专门针对RNA-seq数据映射的比对工具,这意味着不能用于比对DNA数据。 与其他流行的剪接感知RNA-seq比对工具(如HISAT2和TopHat2)相比,STAR具有更...
4 bowtie2比对 bowtie2 -p 10 -x /refer/index/hg38/genome -1 ERR1698194_1.fq -2 ERR1698194_2.fq -S tmp.bowtie2.sam 每一个软件对应自己的index,不要用错了。 5 bwa比对 bwa mem -t 5 -M /refer/index/hg38 ERR1698194_1.fq ERR1698194_2.fq > tmp.bwa.sam 6 多个软件进行批量比对...
aligned concordantly就是read1和read2同时合理的比对到了基因组/转录组上。 24723672 (85.68%) aligned concordantly exactly 1 time,exactly 1 time 就是只有一种比对结果。>1 times 就是read1和read2可以同时比对到多个地方。 第二部分,pair-end模式下不一致的比对结果 1820962 pairs aligned concordantly 0 times...
过去的 10 多年,已经开发了多种比对工具来应对快速增长的 RNA-Seq 测序数据,本文就来盘点一下其中几个比较经典的工具。 2009 TopHat TopHat 是一款经典的 RNA-Seq 数据比对软件,能够精确地将测序 reads 比对到基因组上。其利用 Bowtie 进行快速比对,并考虑了剪接事件,提高了对剪接变异的检测灵敏度。曾经Tophat ...
过去的 10 多年,已经开发了多种比对工具来应对快速增长的 RNA-Seq测序数据,本文就来盘点一下其中几个比较经典的工具。 2009 TopHat TopHat 是一款经典的 RNA-Seq 数据比对软件,能够精确地将测序 reads 比对到基因组上。其利用 Bowtie 进行快速比对,并考虑了剪接事件,提高了对剪接变异的检测灵敏度。曾经Tophat ...
1 开始比对:用hisat2,得到SAM文件 首先启动miniconda3环境 代码语言:javascript 复制 $ source~/miniconda3/bin/activate 先看下hisat2的用法 代码语言:javascript 复制 (base)kelly@DESKTOP-MRA1M1F:/mnt/f/rna_seq/data$ hisat2-hHISAT2version2.1.0by DaehwanKim(infphilo@gmail.com,www.ccb.jhu.edu/...
RNA-seq数据通常有较高的重复率 (duplication rates),即许多测序序列会比对到转录组的相同位置。在全基因组测序中,比对到同一位置的序列被认为是PCR扩增引入的技术噪音,通常只保留1条用于后续分析;而在RNA-seq中,这些重复的序列则因为可能是真实的生物信号而被保留。高表达的转录本在样本中可能有数百万份RNA拷贝,当...
分析的第一步,一般是先把测到的RNA片段,先mapping(比对)到基因组上。在比对完后,可以先看一下,有多少RNA片段是在靠近基因的5'端位置,又有多少片段在是靠近基因的3'端位置。 上图就是把所有的基因,都按其外显子的长度拉直,然后归一化到“0 - 100”的长度。看比对上的片段有多少落在0到100这一个轴的哪...
RNA-seq数据通常有较高的重复率 (duplication rates),即许多测序序列会比对到转录组的相同位置。在全基因组测序中,比对到同一位置的序列被认为是PCR扩增引入的技术噪音,通常只保留1条用于后续分析;而在RNA-seq中,这些重复的序列则因为可能是真实的生物信号而被保留。高表达的转录本在样本中可能有数百万份RNA拷贝,当...