1.2 进入RNA_seq环境 1.3 创建基因组索引文件 1.4 单端测序数据比对到参考基因组 1.5 双端测序比对到参考基因组 1.6 sam格式文件转换bam 本章将要带领大家掌握reads比对到参考基因组的办法,我已经先跑了一遍,4GB的内存还是太勉强了,比对到参考基因组时报错提示内存不足,因此我改用WSL将内存提升为8GB才解决问题。
还有从数据中估计出来的系数的先验分布。这和 DESeq 以及 nbinomWaldTest 用的对数倍数变化的收缩方法（...
今天我们来聊聊RNA-seq中的一些比对相关名词,特别是BLAST这个工具。学完之后,别忘了给大表哥点个赞哦! BLAST:基本局部对齐搜索工具 🔍 BLAST,全称Basic Local Alignment Search Tool,是一种常用的序列比对工具。它的主要任务是通过局部对齐算法,找出两个序列之间的相似性,从而判断它们的同源性。简单来说,就是通过比...
hisat2 + featureCounts: 获取hisat2索引文件,hisat2比对和samtools格式转化,featureCounts计数得到counts表达矩阵 Salmon: salmon index 用cdna.fa建立索引,salmon quant对clean fastq文件直接进行基因定量 获取ensembl_id或transcript_id转化的对应文件 承接上节RNA-seq入门实战(一)本节介绍使用hisat2或salmon这两种方法...
1 HISAT2官网下载 人类和小鼠的索引有现成的,HISAT2官网可以直接下载进行序列比对。如下图所示:选择hg19和mm10的index,文章中RNA-Seq测序数据,可以包括人类和小鼠的数据,因此需要小鼠和人类的索引。
rna-seq定量标准 1. 数据质量评估: GC含量:人类基因组GC含量约为41%,RNA-seq数据中GC含量应与之接近,正常范围在35% 45%,过高或过低都可能提示文库构建或测序过程存在偏差。 2. 比对到参考基因组: 比对率:理想状态下,比对到参考基因组的reads比例应不低于80%。例如,在对人样本进行RNA-seq分析时,多数研究表明...
-5/–trim5 <int>:比对前去除每条序列5’端个碱基 -3/–trim3 <int>:比对前去除每条序列3’端个碱基 –phred33:输入的FASTQ文件碱基质量值编码标准为phred33,phred33为默认参数。 文章中提到:Samples 9-15 are mRNA-seq to determine effect of AKAP95 knockdown inhuman 293 cells (9-11)or mouse ES ...
序列比对 又称为align RNA-Seq 分析中的策略从文件类型来看如下: FASTQ文件 SAM文件 BAM文件 FASTQ文件到SAM文件这一步就需要比对软件 [STAR、Tophat2、HISAT2] 来实现,目的是 把RNA-seqreads比对到合适的参考序列上. 如果用基因组作为参考序列可以检测到新的转录本,但可能需要耗费更多的计算资源;如果用转录组作...
在过去十多年里，为了应对日益增长的RNA-Seq测序数据，已涌现出多种比对工具。本文将概述其中几款经典工具。首先是2009年推出的TopHat，这款软件能精确地将测序reads比对到基因组上，利用Bowtie进行快速比对，并充分考虑了剪接事件，从而提高了对剪接变异的检测灵敏度。TopHat曾与Cufflinks一同作为转录组数据分析的标准...
#expr_matrix.txt文件就是下游分析的表达钜阵文件 经过上面的步骤我们就可以拿到RNA-seq的表达矩阵了,后面就可以进行下游的R语言分析,如差异基因分析,GO和KEGG分析等。 RNA-seq入门 RNA-seq入门(一)数据下载和格式转换 RNA-seq入门(二)质控及fastqc报告解读 RNA-seq入门(三)比对、输出表达矩阵...