hisat2 + featureCounts: 获取hisat2索引文件,hisat2比对和samtools格式转化,featureCounts计数得到counts表达矩阵 Salmon: salmon index 用cdna.fa建立索引,salmon quant对clean fastq文件直接进行基因定量 获取ensembl_id或transcript_id转化的对应文件 承接上
转录组测序（RNA-Seq，RNA sequencing）是通过高通量测序技术对生物体内全部转录产物（包括mRNA、非编码RNA等）进行测序的技术。转录组测序能够定量检测基因表达、发现新的转录本、分析基因结构变异和识别基因表达调控网络，是揭示基因功能和调控机制的重要手段。一、转录组测序的概念与原理 转录组是指一个细胞、组织或生...
过去的 10 多年,已经开发了多种比对工具来应对快速增长的 RNA-Seq 测序数据,本文就来盘点一下其中几个比较经典的工具。 2009 TopHat TopHat 是一款经典的 RNA-Seq 数据比对软件,能够精确地将测序 reads 比对到基因组上。其利用 Bowtie 进行快速比对,并考虑了剪接事件,提高了对剪接变异的检测灵敏度。曾经Tophat ...
STAR(Spliced Transcripts Alignment to a Reference)是用于将RNA-seq读取数据与参考基因组序列进行高度准确和超快速的剪接感知(_splice aware)_比对的工具。注意,STAR是一个专门针对RNA-seq数据映射的比对工具,这意味着不能用于比对DNA数据。 与其他流行的剪接感知RNA-seq比对工具(如HISAT2和TopHat2)相比,STAR具有更...
cp /root/miniconda3/envs/RNA_seq/lib/libcrypto.so.1.1 /root/miniconda3/envs/RNA_seq/lib/libcrypto.so.1.0.0 这次调用就正常了。 那么比对到参考基因组的内容到这里就全部结束了,如果由任何问题欢迎大家在私信我或者在评论中留言,还请大家多多点赞、收藏、评论、转发! 你们的支持将会加块下一章的更新...
序列比对 又称为align RNA-Seq 分析中的策略从文件类型来看如下: FASTQ文件 SAM文件 BAM文件 FASTQ文件到SAM文件这一步就需要比对软件 [STAR、Tophat2、HISAT2] 来实现,目的是 把RNA-seqreads比对到合适的参考序列上. 如果用基因组作为参考序列可以检测到新的转录本,但可能需要耗费更多的计算资源;如果用转录组作...
尽管Illumina是目前主流的RNA-seq平台,但Pacific Biosciences(PacBio)和Oxford Nanopore(ONT)能在完整的RNA分子反转录为cDNA后进行单分子长读长测序。因为消除了short RNA-seq reads需要的组装步骤,可以解决short reads测序相关的一些问题。例如:序列比对的模糊性降低,可以鉴定更长的转录本,这些有助于更好地检测转录异构...
嘿,大家好!今天我们来聊聊RNA-seq中的一些比对相关名词,特别是BLAST这个工具。学完之后,别忘了给大表哥点个赞哦! BLAST:基本局部对齐搜索工具 🔍 BLAST,全称Basic Local Alignment Search Tool,是一种常用的序列比对工具。它的主要任务是通过局部对齐算法,找出两个序列之间的相似性,从而判断它们的同源性。简单来说...
承接上节RNA-seq入门实战(一)本节介绍使用hisat2或salmon这两种方法进行转录组上游数据的比对和计数。39个转录组分析工具,120种组合评估(https://www.nature.com/articles/s41467-017-00050-4)表明基于hisat2或salmon进行转录本定量都比较优秀。 一、hisat2 + featureCounts ...
STAR是用于准确、快速比对RNA-seq读取数据至参考基因组的工具，专门针对RNA-seq数据，不适用于DNA数据。STAR与HISAT2、TopHat2等工具相比，具有更高映射率、更快速度，且在经典和非经典剪接位点识别、嵌合转录本检测方面表现优异。STAR能准确映射短、长读取数据。在变异检测方面，STAR具有更好灵敏度，广泛...