RNAseq的第二步就是Aligment, 一般都是有参考基因组的比对,据同事介绍,比对这一步,比对率再80%以上才算是正常的,很多样本的比对结果都能达到90%以上。 然而,然而,然而,对于第一次跑流程的我,第一个项目,居然不到50% !!! QC 统计, 均在90%以上,说明测序数据质量尚可 QC 遇到问题:Aligment 统计,比对率 ...
生信入门第八课:RNA-seq比对、定量和差异分析 微生信助力高分文章,用户220000+,谷歌学术4500+
我觉得这个问题在于不同的比对软件擅长的比对环境不一样,可以参考下面这个那令人困惑的比对工具选择啊~我目前用过的比对软件有hisat2, tophat两种 之前一直用的hisat2,速度飞快,但是之前处理CLIP比对出来就零点几的比对率,我觉得有问题,虽然后来没调整emmmm 查了一下说是hisat2用的是bowtie2,然后tophat可以指定bo...
这种情况在短读长RNA-seq中也会导致可控的3ʹ端偏好,但对定位于应用长读长的RNA-seq分析全长转录组的研究者来说,即使是低水平的RNA降解,效果也会受限。因此,相关研究者需要在RNA提取后进行严格质控。其次,中位读长长度也会受到文库制备中的技术问题与技术偏好的限制,例如cDNA合成过程中的截断或降解的mRNA反转录...
不同的比对软件和表达量计算软件 除了建库方式引起的误差,RNA-seq仍然面临许多挑战,尤其在数据处理和分析方面。目前已经发展出多种分析方法,但仍然未有一种标准的分析方法。对于参考基因组比对,有两种思路,一种是直接将测序得到的reads比对到参考基因组上,另一种是通过k-mers分析的方式进行拼接比对。而表达量计算也存...
一个超简单的转录组项目全过程--iMac+RNA-Seq(二)QC 3 Alignment 有很多软件都可以比对到参考基因组,hisat2,bowtie2,STAR等等(手上这台iMac不够内存跑STAR) 首先学一下hisat2的用法 hisat2 --help ## 主要要学会使用--help等参数调用帮助文档(软件说明书) ...
因此,对于RNA-seq的基因表达定量结果,如果存在疑问,不妨使用IGV等基因组浏览器查看测序序列和基因组比对的BAM文件,单独找到这段基因的特定区域查看局部表达水平(而不再是整体表达水平),应该就能看到和qPCR相似的结果了。 IGV可视化一段基因敲低过表达区域的RNA-seq ...
RNA-Seq技术在药用植物应用中有2点缺陷:一是SSR出现频率不确定性,得到的unigene序列长度较短,难以获得同源性比对,这在一定程度上增加了基因功能注释的难度;二是基因数据库中的生物信息暂时缺乏,一些表达不丰富的基因可能无法获得准确的功能注释。 结合RNA-Seq的技术优点和...
我的回答是: RNA-Seq不能代替WES完成外显子的变异检测 ,原因如下: (1). 转录本不是全部的外显子。 由于基因通过可变剪切出不同的转录本,实现多能性。那么,没被该转录本包括的外显子就丢失了; (2). 转录本数据在基因上的覆盖度是极度不均匀的。 不同基因的表达量不同,有些很高,有些甚至没有。进行...
比对软件(RNA-SEQ比对到参考基因组上):bowtie2 tophat hista2 star 不需要比对(伪比对,基于建立好的参考转录组):sailfish kallsto salmon 组装与定量:stringtie cufflink RSEM 性能比较: tophat与Hista2算法相似,但是tophat已经不再维护,且比对速度方面,Hista2 显著高于 tophat。STAR与Hista2类似。