RNA-Seq的动态范围更广,且假阳性可能更小,这意味着RNA-Seq的数据重复性应当比芯片要高。RNA-Seq能够检测样品中的所有RNA,这对于鉴定细胞的新颖转录本来说是个优点,但同时缺点在于,它检测了总的RNA,而细胞中很大一部分RNA都来自核糖体和线粒体。这限制了其他RNA的读取数量以及这些RNA表达水平的准确性。因此,polyA...
RNA-Seq的动态范围更广,且假阳性可能更小,这意味着RNA-Seq的数据重复性应当比芯片要高。RNA-Seq能够检测样品中的所有RNA,这对于鉴定细胞的新颖转录本来说是个优点,但同时缺点在于,它检测了总的RNA,而细胞中很大一部分RNA都来自核糖体和线粒体。这限制了其他RNA的读取数量以及这些RNA表达水平的准确性。因此,polyA...
rnaseq是看表达的，chipseq是看蛋白在dna上的结合位点的，硬要说优点的话rna富集可能要容易些 ...
mainChrSeqSet 现在我们有了一个 DNAStringSet 对象，我们可以使用 writeXStringSet 来创建我们的 FASTA...
RNA-Seq 的动态范围更广,且假阳性可能更 小,这意味着 RNA-Seq 的数据重复性应当比芯片 要高.RNA-Seq 能够检测样品中的所有 RNA,这 对于鉴定细胞的新颖转录本来说是个优点,但同时 缺点在于,它检测了总的 RNA,而细胞中很大一 部分 RNA 都来自核糖体和线粒体.这限制了其他 RNA 的读取数量以及这些 RNA 表达...
(2)CHIP-seq实验设计——偏差来源与对照样本的设置 ChIP-Seq富集序列存在以下特点: 开放染色质区域比紧密区域更易打断 重复序列会似乎出现被富集的现象 序列在整个基因组上不均匀分布 因此,ChIP-Seq需要有合适的对照组,对照样本需要满足以下其中一个条件: Input对照: 【少了加抗体的步骤】 mock IP对照:【步骤一样...
ChIP-seq数据分析时容易受到一些伪信号的基因组区域的干扰。为了从ChIP-seq信号中屏蔽掉这些干扰信息，...