RNA-Seq的动态范围更广,且假阳性可能更小,这意味着RNA-Seq的数据重复性应当比芯片要高。RNA-Seq能够检测样品中的所有RNA,这对于鉴定细胞的新颖转录本来说是个优点,但同时缺点在于,它检测了总的RNA,而细胞中很大一部分RNA都来自核糖体和线粒体。这限制了其他RNA的读取数量以及这些RNA表达水平的准确性。因此,polyA...
2. 作为二代测序领域最普遍的技术手段，转录组测序技术（RNA-seq）得到了广泛应用。随之而来的多种方法各具特色，竞相展示其独特之处。3. 传统方法通常需要富集mRNA，片段化mRNA，进行反转录并加接头，以及扩增等步骤。然而，这些步骤的缺点在于，它们通常只能对每个样品独立建库，而获得的全长转录组信息...
RNA-seq的发展和进步一直离不开技术发展的支持(湿实验方面和计算分析方面),且与先前的基于基因芯片的技术比起来,获得的信息更多、偏好性更小。到目前为止,已从标准的RNA-seq流程中衍生出多达100种不同的应用。大部分应用都是基于Illumina short-read测序,但最近基于long-read RNA-seq和direct RNA sequencing (dRNA...
缺点是只能每个样品独立建库，获得的全长转录组信息中绝大多信息在后期分析中极少用到，普遍存在建库步骤多、耗时长、效率低、测序深度不够、成本高等问题；如果成百上千的样品需要测序，例如目前历程研究经常必须进行的成千上万样品的大规模队列研究，则效率十分低下。
RNA-Seq的动态范围更广,且假阳性可能更小,这意味着RNA-Seq的数据重复性应当比芯片要高。RNA-Seq能够检测样品中的所有RNA,这对于鉴定细胞的新颖转录本来说是个优点,但同时缺点在于,它检测了总的RNA,而细胞中很大一部分RNA都来自核糖体和线粒体。这限制了其他RNA的读取数量以及这些RNA表达水平的准确性。因此,polyA...
在过去的十年中,RNA测序(RNA-seq)成为差异基因表达、mRNA差异剪接等研究场景不可或缺的重要手段。随着高通量测序技术的不断发展,RNA-seq的研究技术、分析方法也在不断发展。现在RNA-seq用于研究RNA相关的各方面生物学问题,包括单细胞基因表达、RNA翻译、RNA结构、空间转录学、全转录组、RNA-蛋白互作等。对于RNA-seq...
当前RNAseq 主要研究的是 mRNA,由于一次转录过程中,mRNA 只占很少一部分(约 4~5%),需要采用特殊的建库方式将 mRNA 从总 RNA 中分离出来。常用的方式有两种,一种是根据 PlolyA 尾巴进行富集,另一种是降解 rRNA 的方法。两种方法各有优缺点,下面分别进行阐述。
虽然scRNA-seq能捕获细胞水平的表达，但是也具有以下缺点：1、 数据量大 ScRNA-seq需要捕捉单个细胞的...