这种情况在短读长RNA-seq中也会导致可控的3ʹ端偏好,但对定位于应用长读长的RNA-seq分析全长转录组的研究者来说,即使是低水平的RNA降解,效果也会受限。因此,相关研究者需要在RNA提取后进行严格质控。其次,中位读长长度也会受到文库制备中的技术问题与技术偏好的限制,例如cDNA合成过程中的截断或降解的mRNA反转录...
2. Direct RNA-seq：Oxford Nanopore 由于前几代技术用于RNA测序都要通过RT-PCR构建cDNA文库，使样品准备流程繁琐，且会引入一定的系统误差。此外，前几代技术都无法用于碱基修饰、mRNA的5’-甲基鸟苷帽以及3’-腺苷尾的研究。而Oxford Nanopore测序仪的问世完美解决了上述的问题。Nanopore的关键技术有三：1）纳米孔...
RNA-Seq的动态范围更广,且假阳性可能更小,这意味着RNA-Seq的数据重复性应当比芯片要高。RNA-Seq能够检测样品中的所有RNA,这对于鉴定细胞的新颖转录本来说是个优点,但同时缺点在于,它检测了总的RNA,而细胞中很大一部分RNA都来自核糖体和线粒体。这限制了其他RNA的读取数量以及这些RNA表达水平的准确性。因此,polyA...
利用RNA-Seq测序技术可对物种进行亲缘关系分析、遗传多样性与居群遗传结构检测、遗传作图、基因定位、分子标记辅助育种等方面的研究。Zhang等[42]利用Illumina Hiseq 2000获得了龙胆根和叶转录组的序列和转录丰度数据。在差异表达的基因中,有130多个被标注为与萜类生物合成有...
这种方法的一个缺点是,它可能很难知道覆盖中的异常现象是自然存在还是由技术问题引起。例如,几乎所有的RNA-seq研究有外显子内覆盖的差异,这可能来自于共有外显子部分的自然发生的剪接变体,或者可能是由文库构建或测序过程中的技术误差引起。 考虑到研究人员正在不断开发新的测序方法和文库构建方案,我们需要一种方法...
RNA-Seq可进行全基因组水平的基因表达差异研究,具有定量更准确、可重复性更高、检测范围更广、分析更可靠等特点。除了分析基因表达水平,RNA-Seq还能发现新的转录本、SNP、剪接变体,并提供等位基因特异的基因表达。对于RNA-Seq的优缺点,Helicos BioSciences的研究人员在《PloS ONE》上做了清晰阐述。
转录组测序技术（RNA-seq）作为目前二代测序领域最普遍的技术手段而获得广泛应用，应运而生的多种方法各有特点、争奇斗艳。传统方法通常需要富集mRAN，片段化mRNA，反转录和加接头，及扩增等。缺点是只能每个样品独立建库，获得的全长转录组信息中绝大多信息在后期分析中极少用到，普遍存在建库步骤多、...
1. ChIPseq reads 比对 在评估读取质量和我们应用的任何读取过滤之后，我们将希望将我们的读取与基因组...
FPKM v.s. TPM 两者的区别在于计算的顺序不同。 数学上其实是一致的,但是实际运用中,由于除不尽、近似等缘故,造成误差。调整计算顺序后,有助于减小误差。 举例:RNA-Seq分析|RPKM, FPKM, TPM, 傻傻分不清楚? 结论 RNA-seq分析时,一般使用TPM更为准确。 发布于 2024-03-10 06:59・IP 属地美国 ...