蛋白质和 RNA 分子的结合是一个动态过程,而现有的生物化学方法每次只能捕捉特定细胞系、以及细胞条件之下蛋白质与 RNA 的互作行为,这导致可能还有很多具备结合 RNA 能力的蛋白质无法“浮出水面”。 此外,在已知的 RNA 结合蛋白之中,约有一半属于非典型 RNA 结合蛋白。对于将这些蛋白质用于结合 RNA 分子的结构域、...
5)区分能力:用来评估快速交互倾向,它代表了预测的可信度,范围从0%(不可预测性)到100%(可预测性)。高于50%的DP值表示可能发生相互作用,而高于75%表示高置信度预测。 6)交互倾向:是一个蛋白质(或区域)和一个RNA(或区域)之间相互作用概率的度量,是基于观察到的核糖核蛋白复合物的组成部分表现出其物理化学特征的...
结合位点是大分子的结构和动态特性;因此,预测结合位点的方法应区分具有开放和折叠结合位点的构象,并适用于构象集合的分析。为了证明 BiteNetN 用于相关的核酸配体结合位点检测问题,研究人员测试了HIV-1 的反式激活反应区域和ATP 适体。 图示:与小分子结合的七种 TAR RNA 结构的 AP 、ROC AUC 和 MCC 性能指标。(...
今天要给大家介绍的预测网站是catRAPID,一个功能非常强大和全面的RNA-蛋白结合预测网站,由西班牙的Center for Genomic Regulation的Tartaglia Lab研发,通过综合二级结构、氢键和范德瓦尔斯的贡献,可以较准确地预测RNA-蛋白结合(能够预测出NPinter 数据库中89% 的ncRNA-protein 相互作用)。 网址: http://service.tartagliala...
RNA-蛋白结合预测数据库 “老板给了我一个RNA,让我找直接作用机制,我该这么办?” “先用catRAPID数据库看一下与它结合的蛋白吧!” “这个数据库怎么用啊?” “看这里呀!” catRAPID数据库(http://service.tartaglialab.com/page/catrapid_group)的开发者来...
2.2 RIsearch2进行相互作用预测 passing the query sequence(-q FILE),理解RIsearch2 输出 RIsearch2接受FASTA(或gzip压缩)格式序列文件(5'-3'),通过-q FILE option设定path。RIsearch2会为每个input文件(prefixed with risearch_seqID)产生gzipped格式结果文件。输入文件如果有重复ID,结果会被覆盖。
RNA结合蛋白(RBP)在各种生物学过程中都起着至关重要的作用,它们在RNA上的结合位点可以深入了解涉及RBPs的疾病背后的机制。因此,如何识别RNA上的RBP结合位点对于后续分析至关重要。今天,小编就给大家介绍一种基于深度学习的RNA-蛋白质结合位点预测的网站:RBPsuite,这是一个易于使用的网络服务器,用于预测线性和环形RNA...
01以一个已知蛋白质预测RNA为例 第一步: 第二步: 选择第一种进入下图界面,进行信息填写。 注意:若无法预测蛋白质结合哪种类型RNA,可选择不同类型RNA依次进行预测。 第三步:等待结果。提交完成后一般会在10-30分钟收到包含计算结果的网页链接。 结果如图所示:结果主要包括两部分,第一部分为图片,第二部分为表格...
RNA-蛋白结合预测数据库 “老板给了我一个RNA,让我找直接作用机制,我该这么办?” “先用catRAPID数据库看一下与它结合的蛋白吧!” “这个数据库怎么用啊?” “看这里呀!” catRAPID数据库(http://service./page/catrapid_group)的开发者来自西班牙的 Universitat Pompeu Fabra,数据库相关文章(PMID: 21623348)于...
RNA与蛋白质之间的相互作用在转录后的调节中起重大作用,因此需对RNA-蛋白质(RBP)之间的结合进行预测,但是实验手段的应用难以广泛开展。结构生物学实验只能检测某一个特定RNA与蛋白间的相互作用,而不能提供统计意义上的结合偏好的信息。而assay的方法可以提供结合的亲和力,但是没有办法抓住具体的结构上的结合构象的差异...