Starbase可查询miRNA、LncRNA、mRNA相互调控和结合的预测,存储了大量的互作网络结合的miRNA,ceRNA的竞争结合,RNA蛋白结合等数据 二、LncRNA与miRNA结合预测 长链非编码RNA(Long-noncodingRNA,lncRNA)是一类转录本长度大于200bp的非编码RNA,可作为人类基因组中一类重要的调控分子通过多种方式发挥其生物学功能. 近年来的...
本发明公开一种RNA结合蛋白与环状RNA的结合位点预测方法,其方法包括:先以多尺度的方式扩展网络中的浅层特征,再通过在进入递归神经网络之前对特征进行解码来扩展深层特征,然后将经过扩充后的深层和浅层特征进行融合后送入分类网络的全连接层进行分类,最后根据分类结果判断是否为结合位点,实现RNA结合蛋白与环状RNA的结合...
如果楼主不要求特殊参数设置的话,可以直接从miRanda网页下载所有预测miRNA和mRNA配对的列表。http://www.microrna.org/microrna/getDownloads.do RNA沉默用shRNA, RNA干扰使用microRNA,干扰,沉默的区别在哪里? 沉默是和靶RNA结合,形成双链RNA并讲解,干扰是和目标片段共同竞争结合位点 帮我推荐一些文献:关于EJC(外显...
3. starBase provides miRFunction and ceRNAFunction web tools to predict the function of ncRNAs (miRNAs, lncRNAs, pseduogenes) and protein-coding genes from the miRNA-mediated (ceRNA) regulatory networks 3. RegRNA2.0: an integrated web server for identifying functional RNA motifs and sites 示例结合...
接着,“Go”之后,输出结果如下,通过每个结果左侧的“Details”查看具体的结合位点。预测的原则方法同编码基因,都是种子区序列(seed sequence)与LncRNA结合。 二、 RNAhybrid RNAhybrid是一种用于发现长链RNA和短链RNA的最小自由能杂交配对的工具。杂交配对的计算是在一种域模式(domain mode)下进行的,即短序列与长序...
catRAPID:是一种用于估计蛋白质-RNA之间结合倾向的算法。通过结合二级结构,氢键和范德华力,该网站可以非常准确地预测蛋白质-RNA的结合。 话不多说,上链接:http://service.tartaglialab.com/page/catrapid_group 该网站主要包含以下6个模块 下面主要就小编使用过的功能给大家简单介绍一下 ...
1.3.3 LncRNA与miRNA结合预测 长链非编码RNA(Long-noncoding RNA,lncRNA)是一类转录本长度大于200bp的非编码RNA,可作为人类基因组中一类重要的调控分子通过多种方式发挥其生物学功能. 近年来的研究表明,lncRNA也可以作为一种竞争性内源性RNA(competing endogenous RNA),与miRNA互作结合,形成ceRNA的竞争机制 以下是...
预测lncRNA结合蛋白的网站有很多,今天给大家介绍一个预测lncRNA结合蛋白的在线分析工具,功能强大,且简便易行。只需要输入序列,鼠标点点点就完事儿,是不是瞬间充满了动力 。 catRAPID:是一种用于估计蛋白质-RNA之间结合倾向的算法。通过结合二级结构,氢键和范德华力,该网站可以非常准确地预测蛋白质-RNA的结合。
为对象,本案申请人研究了NusB上的RNA捆绑残基(3R2C:A),通过对TP(正确的肯定数目)、FN(漏报,没有找到正确匹配的数目)、FP(误报,没有的匹配不正确)、TN(正确拒绝的非匹配数目)的统计,对其结合位点整个预测的准确性ACC是0.88,和通过X射线晶体衍射或者核磁共振等方法实验实际测出的RNA结合位点相比较,预测结果...
莫愁:其实就先通过文献、功能以及最终作用的靶基因预测一下,你的lncRNA可能能和什么样的蛋白相互作用,然后再进一步用RNA-ChIP或者RNA pulldown来验证就可以了。一般是这样的: 预测的话,可以推荐你这个网站哈: 这个网站是专门分析RPIseq的网站,最简单的方法就是把你猜想的蛋白序列和RNA序列bia进去,然后点确认。