非编码RNA经常和其它RNAs形成配对(双链)发挥其作用。这些RNA-RNA相互作用都是建立在碱基互补配对的基础上,两个RNA序列之间的高度互补是这种相互作用的强有力预测基础。RIsearch2是RNA-RNA相互作用预测工具,可以在给定的query和target序列之间形成互补定位。使用基于suffix arrays的seed-and-extend框架,RIsearch2可以发现RNA...
这些RNA-RNA相互作用都是建立在碱基互补配对的基础上,两个RNA序列之间的高度互补是这种相互作用的强有力预测基础。RIsearch2是RNA-RNA相互作用预测工具,可以在给定的query和target序列之间形成互补定位。使用基于suffix arrays的seed-and-extend框架,RIsearch2可以发现RNA-RNA相互作用关系,这种发现可以基于基因组或转录组。
RIsearch2是RNA-RNA相互作用预测工具，可以在给定的query和target序列之间形成互补定位。使用基于suffix arrays的seed-and-extend框架，RIsearch2可以发现RNA-RNA相互作用关系，这种发现可以基于基因组或转录组。类似之前的 RIsearch ，RIsearch2也使用基于di-nucleotides to approximate nearest-neighbor energy pa...
MiRNA-Target:该模块主要是预测与miRNA结合的靶基因,以及两者的结合位点。 Degradome-RNA:该模块专门用于分析RNA的降解模式,主要是针对miRNA介导的降解片段进行测序,从而筛选和鉴定miRNA调控的靶基因。 RNA-RNA:该模块主要预测候选ncRNA及其靶标之间的RNA-RNA相互作用。 ceRNA-Network:本模块提供3个子模块,即mRNA-ceRNA...
本文将就RNA互作网络和蛋白质结构的预测方法进行分析和探讨。 一、RNA互作网络 1.1 RNA互作网络的基本概念 RNA互作网络是指通过分子生物学,计算机科学,生物信息学等交叉科学研究方法,构建基于RNA互作关系的全局网络结构。这个网络结构包括RNA互作关系网络,RNA相关蛋白质网络,RNA-mRNA网络等。RNA互作可以象征性地理解为在...
01 以一个已知蛋白质预测RNA为例 第一步: 第二步: 选择第一种进入下图界面,进行信息填写。 注意:若无法预测蛋白质结合哪种类型RNA,可选择不同类型RNA依次进行预测。 第三步:等待结果。提交完成后一般会在10-30分钟收到包含计算结果的网页链接。 结果如图所示:结果主要包括两部分,第一部分为图片,第二部分为表格...
RNA互作,靶基因预测,定位以及疾病分析数据库 第1页 RNA-互作、定位、疾病数据库第2页互作定位疾病*RAID2.0中有这两个数据库旳部分数据整合在其中,同步也在更新计划中,有需要可以关注。第3页RefernceRAIDv2.0:RNA-RNA、RNA-Protein互作模式,http:///raid/RNALocate:RNA旳亚细胞定位数据库 ,http:///rnalocate/...
RNA互作，靶基因预测，定位以及疾病分析数据库 RNA－互作、定位、疾病数据库 *RAID2.0中有这两个数据库的部分数据整合在其中，同时也在更新计划中，有需要可以关注。Refernce 1.RAIDv2.0：RNA-RNA、RNA-Protein互作模式，http://www.rna-society.org/raid/2.RNALocate：RNA的亚细胞定位数据库，http://www.rna...
01以一个已知蛋白质预测RNA为例 第一步: 第二步: 选择第一种进入下图界面,进行信息填写。 注意:若无法预测蛋白质结合哪种类型RNA,可选择不同类型RNA依次进行预测。 第三步:等待结果。提交完成后一般会在10-30分钟收到包含计算结果的网页链接。 结果如图所示:结果主要包括两部分,第一部分为图片,第二部分为表格...
RNA－互作、定位、疾病数据库 *RAID2.0中有这两个数据库的部分数据整合在其中，可以关注。RAIDv2.0RNA-RNA、RNA-Protein互作 http://www.rna-society.org/raid/ RAIDv2.0数据构成和打分系统 RAIDv2.0共包含mRNA、miRNA、lncRNA、circRNA、tRNA等10余种类型，超过527万条数据。可通过主页上的“Statistics”...