RIsearch2预测RNA-RNA互作的原理是什么? 背景 非编码RNA经常和其它RNAs形成配对(双链)发挥其作用。这些RNA-RNA相互作用都是建立在碱基互补配对的基础上,两个RNA序列之间的高度互补是这种相互作用的强有力预测基础。RIsearch2是RNA-RNA相互作用预测工具,可以在给定的query和target序列之间形成互补定位。使用基于suffix arr...
MiRNA-Target:该模块主要是预测与miRNA结合的靶基因,以及两者的结合位点。 Degradome-RNA:该模块专门用于分析RNA的降解模式,主要是针对miRNA介导的降解片段进行测序,从而筛选和鉴定miRNA调控的靶基因。 RNA-RNA:该模块主要预测候选ncRNA及其靶标之间的RNA-RNA相互作用。 ceRNA-Network:本模块提供3个子模块,即mRNA-ceRNA...
RIsearch2是RNA-RNA相互作用预测工具，可以在给定的query和target序列之间形成互补定位。使用基于suffix arrays的seed-and-extend框架，RIsearch2可以发现RNA-RNA相互作用关系，这种发现可以基于基因组或转录组。类似之前的 RIsearch ，RIsearch2也使用基于di-nucleotides to approximate nearest-neighbor energy pa...
catRAPID是一个强大的RNA蛋白互作预测工具。它具有以下特点和功能：准确预测：catRAPID能够准确预测蛋白质与RNA之间的结合倾向，适用于了解已知蛋白可能结合的RNA，以及预测特定RNA的互作蛋白。直观易用的界面：用户只需访问s.tartaglialab.com/page…即可进入catRAPID的使用界面，按照步骤填写信息后，即可在...
本文将就RNA互作网络和蛋白质结构的预测方法进行分析和探讨。 一、RNA互作网络 1.1 RNA互作网络的基本概念 RNA互作网络是指通过分子生物学,计算机科学,生物信息学等交叉科学研究方法,构建基于RNA互作关系的全局网络结构。这个网络结构包括RNA互作关系网络,RNA相关蛋白质网络,RNA-mRNA网络等。RNA互作可以象征性地理解为在...
蛋白质与RNA互作是指蛋白质与RNA分子之间的相互作用。这种互作在生物体内广泛存在,参与基因表达调控、RNA加工和转运等多种生命过程。蛋白质通过与RNA结合,影响RNA的结构和功能,进而调控生物体的生理和病理过程。 那么如何用AlphaFold3预测蛋白质与RNA互作呢? 第一步,通过Uniport网站获取候选基因的蛋白质序列(以MYC为例...
catRAPID:是一种用于估计蛋白质-RNA之间结合倾向的算法。通过结合二级结构,氢键和范德华力,该网站可以非常准确地预测蛋白质-RNA的结合。 链接:http://s.tartaglialab.com/page/catrapid_group打开链接,界面如下图所示: 主要针对catRAPID omics v2.0这一模块进行介绍。
对于那些寻找RNA-蛋白互作预测工具的科研人员，catRAPID无疑是一个强大的神器。它能准确预测蛋白质与RNA之间的结合倾向，无论你是想了解已知蛋白可能结合的RNA，还是想预测特定RNA的互作蛋白。catRAPID的使用方法直观且易懂。首先，访问s.tartaglialab.com/page...，进入界面。对于已知蛋白预测RNA，只需按照...
RNARNA互作,靶基因预测,定位以互作,靶基因预测,定位以 及疾病分析数据库及疾病分析数据库 RNA-互作、定位、疾病数据库 *RAID2.0中有这两个数据库的部分数据整合在其中,同时也在更新计划中,有需要可以关注。 Refernce 1.RAIDv2.0:RNA-RNA、RNA-Protein互作模式,http://.rna-society/raid/ ...
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